More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_R0062 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_R0062  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0560501  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0074  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0141721  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0068  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00886368  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0075  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000125348  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0077  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852479  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0088  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0114933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0060  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00315069  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t53  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.313703  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t54  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.243475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA21  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.929438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA22  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.531556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0068  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.516961 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R21  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.69623  normal  0.0537905 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R22  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691198  normal  0.0547786 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0059  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00352122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0079  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0080  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0081  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0082  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0089  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0114933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0058  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00863094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0057  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00956422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0087  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0066  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00171075  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0026  tRNA-Met  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000815309  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t055  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00625421  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0229  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0489  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.107964  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0228  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.883109  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0042  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00068414  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0093  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0094  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0095  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0096  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0097  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t054  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00636739  hitchhiker  0.000266303 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t052  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00629284  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t056  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0248114  hitchhiker  0.000277414 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0067  tRNA-Met  94.67 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00910637  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00100  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3126t  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.355044  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0037  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0436606  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0063  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00314729  hitchhiker  0.000241423 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0039  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0436606  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0065  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0014321  hitchhiker  0.000837814 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0036  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0763298  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0076  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000117195  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0062  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00124144  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0064  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0037637  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0061  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00126758  hitchhiker  0.000243294 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t027  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t028  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0038  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.161096  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0037  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.306367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0085  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0231321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0086  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0253829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0076  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0077  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0085  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.248101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0087  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0086  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.325929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0076  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0631311  normal  0.3321 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0077  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0627424  normal  0.3321 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0067  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.51245 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0066  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.508112 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0067  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00450958  hitchhiker  0.000893697 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0074  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000142028  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0056  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0057  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0058  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0036  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0064  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00380472  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0065  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00366622  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0083  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000703171  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0024  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000264757  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t057  tRNA-Met  93.42 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0444035  hitchhiker  0.000266303 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0023  tRNA-Met  93.42 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.3726300000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0007  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0026  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  6.52648e-26  unclonable  0.0000000488908 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0014  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0042  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.324618  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0086  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0034  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0019  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0324694  normal  0.0212218 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0024  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0898053 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0473  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t20  tRNA-Met  93.24 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t21  tRNA-Met  93.24 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.929241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t22  tRNA-Met  93.24 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00106  tRNA-Met  93.24 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00110  tRNA-Met  93.24 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0018  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.721782  hitchhiker  0.000298186 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0019  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000306016 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4588  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0031  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0036  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0037  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0099  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.69188  decreased coverage  0.00129939 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0100  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.925668  decreased coverage  0.00140231 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0083  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0208848  normal  0.0528505 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>