259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_R0010 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_R0010  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0045  tRNA-Met  93.33 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0033  tRNA-Met  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0263488  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0039  tRNA-Met  95.08 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0017  tRNA-Met  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0034  tRNA-Met  95.08 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.62589  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0056  tRNA-Met  90.67 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.764712  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0029  tRNA-Met  93.44 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t22  tRNA-Met  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0042  tRNA-Met  93.44 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.309663  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet02  tRNA-Met  94.74 
 
 
80 bp  89.7  9e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00802735  normal  0.195828 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0043  tRNA-Met  95.92 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.16192 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0015  tRNA-Met  95.35 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0036  tRNA-Met  95.35 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.756842  normal  0.078862 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0091  tRNA-Met  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.62007  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0006  tRNA-Met  91.84 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.556154 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0011  tRNA-Met  91.84 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000000297005  normal  0.027771 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0018  tRNA-Met  91.84 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000031299  normal  0.0565346 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0001  tRNA-Met  86.11 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PGt47  tRNA-Met  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0003  tRNA-Met  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.128696  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0051  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.105728  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0046  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503333  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0045  tRNA-Met  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00121636  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0010  tRNA-Met  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.678705 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0016  tRNA-Met  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.657071  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13660  tRNA-Met  89.8 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0986692  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  100 
 
 
74 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0052  tRNA-Met  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.106885  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0008  tRNA-Met  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0001  tRNA-Met  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0011  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0011  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00653203  hitchhiker  0.000515394 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0055  tRNA-Met  90.7 
 
 
74 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0104012 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0012  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0594499 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  90.7 
 
 
77 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60310  tRNA-Met  86.21 
 
 
74 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0039  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.10538  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0040  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0666979  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21210  tRNA-Met  88 
 
 
74 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5361  tRNA-Met  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.338891  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0013  tRNA-Met  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0245889  normal  0.232589 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61830  tRNA-Met  86.21 
 
 
74 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000100063  hitchhiker  0.00456196 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0009  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.425741  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4558  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0013  tRNA-Met  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0024  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0002  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000539151  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0004  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000076362  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t03  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0050  tRNA-Met  88.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00180994 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0006  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.828778  normal  0.262269 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0009  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00618734  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0006  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104917  hitchhiker  0.000204838 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0004  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00301418 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0004  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.147077  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAMetVIMSS1309261  tRNA-Met  91.89 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0992753 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0006  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07660  tRNA-Met  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.041948 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6046  tRNA-Met  87.76 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474372  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-1  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.526696  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0040  tRNA-Ile  88.64 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.241965  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0037  tRNA-Ile  88.64 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0018  tRNA-Met  88.64 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.144719  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08640  tRNA-Met  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0057  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t09  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.630661  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t70  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.619158  hitchhiker  0.00932375 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t15  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt022  tRNA-Met  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000116471  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0031  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.136071  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0020  tRNA-Met  88.37 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0126987  normal  0.390721 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0006  tRNA-Met  88.37 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R13  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000158888  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R2  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567165  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R42  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533032  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0032  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000276963  normal  0.450139 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0044  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0477159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0010  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000315774  hitchhiker  0.000925503 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0743  tRNA-Met  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0036  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0092  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368423  hitchhiker  0.00436649 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0063  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000331537  normal  0.777832 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0081  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00202745  normal  0.185006 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0047  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.026073  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0052  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0029428  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>