132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0040 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_R0039  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.10538  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0040  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0666979  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0048  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.565374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0043  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.50689  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0027  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.800046  normal  0.352894 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0018  tRNA-Met  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0583906 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0045  tRNA-Met  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0005  tRNA-Met  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000976194  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0020  tRNA-Met  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.070977  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0024  tRNA-Met  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-1  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0953883  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0036  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000218585  hitchhiker  0.0000000000151476 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0009  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0038  tRNA-Met  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000704091 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0024  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000171351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0053  tRNA-Met  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000890426  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0026  tRNA-Met  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000311751  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0639  tRNA-Met  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.000292173  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0024  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0001  tRNA-Met  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0025  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000157655  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0012  tRNA-Met  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000647679  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0047  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0004  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177492  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0001  tRNA-Met  96.97 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0041  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1220  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.400945  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0035  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt021  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000111165  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0744  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1228  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0041  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000202293  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2151  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0974821  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2266  tRNA-Met  96.77 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.507582  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0050  tRNA-Met  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000010044  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0014  tRNA-Met  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000605229  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0044  tRNA-Phe  88.14 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000994799  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0010  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0014  tRNA-Met  85.14 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0720319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0030  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00179539  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0743  tRNA-Met  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  89.04 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  86.15 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  86.15 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0017  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0034  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.62589  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0037  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0039  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0057  tRNA-Met  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0302316  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0029  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0042  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.309663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0033  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0263488  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet02  tRNA-Met  96.3 
 
 		 80 bp  46.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00802735  normal  0.195828 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  93.55 
 
 		 80 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1573  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1608  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.838152 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0031  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0175  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.183905  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0744  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.92393  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1749  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0037  tRNA-Phe  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA8  tRNA-Phe  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  93.55 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1239  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0013  tRNA-Met  88.24 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000227185  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0009  tRNA-Phe  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.690958  normal  0.0734418 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  93.55 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0013  tRNA-Phe  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.011671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0054  tRNA-Phe  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0031  tRNA-Phe  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0051  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.430637  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0019  tRNA-Phe  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>