More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_R0006 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_R0006  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt17  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt17  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0002  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0044  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0044  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0077  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna1  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0035  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0034  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.903011  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2045  tRNA-Met  90.67 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0074  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0052  tRNA-Met  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.106885  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0057  tRNA-Ile  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0050  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00180994 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0008  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0001  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0018  tRNA-Met  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.144719  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0091  tRNA-Met  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.62007  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0052  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.526652  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0042  tRNA-Ile  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0171814  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0037  tRNA-Ile  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000489104  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0044  tRNA-Ile  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0477159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0008  tRNA-Ile  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000696824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0106  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000245591  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0100  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000240677  normal  0.14602 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0096  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000771704  normal  0.141608 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0071  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000012956  normal  0.0431401 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13660  tRNA-Met  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0986692  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet03  tRNA-Met  85.71 
 
 		 80 bp  65.9  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00892587  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0056  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0001  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.560835  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0073  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000819508  normal  0.0429545 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0026  tRNA-Ile  88.33 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.556154 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3111t  tRNA-Ile  88.33 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893532  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3075t  tRNA-Ile  88.33 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0105  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000402123  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0101  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109758  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t014  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t018  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0156  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t013  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114065  hitchhiker  0.000000000483497 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0129  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000830942  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0030  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000378723  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0032  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000017089  normal  0.142093 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0036  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524362  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0120  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000849976  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0033  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000181749  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0037  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000667787  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0038  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000161182  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t108  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000118343  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0159  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000201379  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0153  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000229594  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0125  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000214753  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0031  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000967357  normal  0.0254093 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0035  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000026454  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0051  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.105728  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0102  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000510016  normal  0.102262 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0046  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0116  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000126363  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0108  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000925479  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0112  tRNA-Met  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000385548  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0028  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000167131  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0031  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000375201  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0332  tRNA-Met  89.8 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0020  tRNA-Met  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0126987  normal  0.390721 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0062  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000650555  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0031  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.240758  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0065  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0370622  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4259  tRNA-Met  89.8 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.0089e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0027  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.155792  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4255  tRNA-Met  89.8 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.1357e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0061  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0156851  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0066  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00279413  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0329  tRNA-Met  89.8 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000153412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0035  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000293929  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0032  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000831848  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0014  tRNA-Ile  86.67 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0005  tRNA-Ile  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000168156  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0005  tRNA-Ile  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000353567  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0044  tRNA-Ile  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000172197  normal  0.222216 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0486  tRNA-Ile  86.67 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.212105  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0049  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00205425  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0005  tRNA-Ile  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0010  tRNA-Ile  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.121367  normal  0.0933113 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0011  tRNA-Ile  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000846583  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0007  tRNA-Ile  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000593812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0017  tRNA-Ile  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000136136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0058  tRNA-Ile  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00171421  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0032  tRNA-Ile  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000441039  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0011  tRNA-Ile  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0062166  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00014  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000132366  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0061  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.9923400000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4650  tRNA-Met  85.71 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000849948  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0734  tRNA-Met  85.71 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0388  tRNA-Met  85.71 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000012647  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4654  tRNA-Met  85.71 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.94372e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0034  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000193112  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>