More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0057 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0057  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3075t  tRNA-Ile  93.33 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0037  tRNA-Ile  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000489104  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0044  tRNA-Ile  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0477159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0486  tRNA-Ile  93.33 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.212105  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3111t  tRNA-Ile  93.33 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893532  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0008  tRNA-Ile  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000696824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0042  tRNA-Ile  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0171814  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0038  tRNA-Ile  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0020  tRNA-Ile  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0006  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0031  tRNA-Ile  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.136071  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0004  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000939428  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0011  tRNA-Ile  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0062166  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0004  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0009  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0767985  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0005  tRNA-Ile  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000168156  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0011  tRNA-Ile  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000846583  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0005  tRNA-Ile  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000353567  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0047  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.026073  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0052  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0029428  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60160  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000736838  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0031  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5402  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0831781  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60090  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270982  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t03  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t09  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0116209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t15  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA14  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0900551  normal  0.0100999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA5  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA51  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000929539  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA73  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00020083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6152  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0718757  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4845  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0555625  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0007  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0924996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0036  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.432918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0052  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R13  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000158888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R2  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R42  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R59  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000380652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R80  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887019  hitchhiker  0.00768268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R93  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000022565  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0026  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0180152  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0812  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0042  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00111432  normal  0.385328 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0007  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00808178  normal  0.792486 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60380  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0553441  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60340  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0530046  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60000  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0181661  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60550  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000429447  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08580  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000150356 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55635  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.269622 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62080  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0500428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70900  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.335626 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0002  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0014  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0031  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00061  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0509967  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00071  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0100739  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0077  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000248576  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0102  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00845186  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t09  tRNA-Ile  95.45 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.630661  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t48  tRNA-Ile  95.45 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0092  tRNA-Ile  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368423  hitchhiker  0.00436649 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0137  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000306582  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0103  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00507683  decreased coverage  0.00339417 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0010  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000891119  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0010  tRNA-Ile  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000315774  hitchhiker  0.000925503 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0073  tRNA-Ile  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000465984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0067  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000189357  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0007  tRNA-Ile  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000589313  hitchhiker  0.000462971 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0096  tRNA-Ile  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0060738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0012  tRNA-Ile  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00686442  normal  0.0133226 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0063  tRNA-Ile  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000331537  normal  0.777832 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0008  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0289136  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0118  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000845195  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0002  tRNA-Ile  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000811561  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0012  tRNA-Ile  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000226616  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0056  tRNA-Ile  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00138336  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0078  tRNA-Ile  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000836991  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0086  tRNA-Ile  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00068353  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0072  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0761618  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0092  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00539323  decreased coverage  0.00141538 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0020  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00394718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0009  tRNA-Ile  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0460221  hitchhiker  0.00205125 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0114  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000347317  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0035  tRNA-Ile  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000956793  normal  0.185983 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0008  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00154963  normal  0.549393 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0070  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000447214  normal  0.107395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0135  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000335927  normal  0.0144188 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0007  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000593812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0017  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000136136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0058  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00171421  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0032  tRNA-Ile  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000441039  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>