More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I3111t on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I3075t  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3111t  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893532  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0037  tRNA-Ile  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000489104  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0044  tRNA-Ile  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0477159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0008  tRNA-Ile  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000696824  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0042  tRNA-Ile  98.65 
 
 
77 bp  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0171814  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4293  tRNA-Ile  97.3 
 
 
79 bp  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000401395  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0104  tRNA-Ile  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000615074  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0626  tRNA-Ile  97.3 
 
 
79 bp  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000339545  normal  0.0175706 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0046  tRNA-Ile  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000007266  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0003  tRNA-Ile  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000253245  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0059  tRNA-Ile  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000373197  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4265  tRNA-Ile  97.3 
 
 
79 bp  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000229393  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4204  tRNA-Ile  97.3 
 
 
79 bp  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000054398  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0127  tRNA-Ile  97.3 
 
 
79 bp  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000449492  normal  0.0406776 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0468  tRNA-Ile  97.3 
 
 
79 bp  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000056688  normal  0.0165845 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle01  tRNA-Ile  97.3 
 
 
80 bp  131  2.0000000000000002e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle02  tRNA-Ile  97.3 
 
 
80 bp  131  2.0000000000000002e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0002  tRNA-Ile  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0014  tRNA-Ile  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0031  tRNA-Ile  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t009  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.111936  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0149  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00584205  unclonable  0.0000000149917 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0098  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.331727  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0008  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0770657  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0081  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000962065  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t003  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t064  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t096  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0175  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0770081  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0025  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0513291  unclonable  0.00000384252 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0011  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0129022  hitchhiker  0.000473278 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0036  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0271306  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0020  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0504823  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0007  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000911687  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0008  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0289136  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0118  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000845195  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0093  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.879368  normal  0.134634 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0008  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0314854  hitchhiker  0.00756038 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0160  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0152441  normal  0.0451567 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0114  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000347317  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0067  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000189357  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0010  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000891119  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0008  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000331872  normal  0.303515 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0072  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0376486  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0008  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.160787  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0021  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000203116  normal  0.0522769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0072  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00892637  normal  0.130437 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0005  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0474299  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0010  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.121367  normal  0.0933113 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0005  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000734395  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0062  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00713608  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0127  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000330359  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0051  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00698245  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0157  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.131945  hitchhiker  0.00000102805 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0008  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00154963  normal  0.549393 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0070  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000447214  normal  0.107395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0135  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000335927  normal  0.0144188 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0007  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000593812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0017  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000136136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0058  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00171421  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0032  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000441039  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0009  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0154814  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0072  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0761618  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0137  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000306582  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0002  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0365419  normal  0.118397 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0084  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0017286  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0117  tRNA-Ile  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000183962  hitchhiker  0.000210385 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t050  tRNA-Ile  95.89 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0331004  hitchhiker  0.0000227439 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t042  tRNA-Ile  95.89 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0159624  hitchhiker  0.000000229903 
 
 
-
 
NC_006368  lppt40  tRNA-Ile  94.59 
 
 
77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt40  tRNA-Ile  94.59 
 
 
77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00061  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0509967  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00071  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0100739  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0077  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000248576  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0102  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00845186  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0119  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000630461  hitchhiker  0.0000581532 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0090  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000296834  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4458  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000985365  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4315  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0699439  normal  0.201928 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4714  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000504108  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0085  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0425046  normal  0.137972 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4704  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000142472  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4641  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000032657  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5004  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000283414  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0278  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00714159  normal  0.415657 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0214  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00923178  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0289  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0256101  normal  0.468385 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0196  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4462  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0397855  hitchhiker  0.000732879 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4123  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000989752  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3573  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000468269  normal  0.424687 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4344  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0232585  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0092  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00539323  decreased coverage  0.00141538 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0016  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00171399  hitchhiker  0.0041284 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4196  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0226265  normal  0.767758 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0273  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0036281  normal  0.436112 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0020  tRNA-Ile  96.88 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00394718  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>