249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_R0003 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_R0003  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.128696  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-1  tRNA-Met  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.526696  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0045  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00121636  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0042  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.309663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0029  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0001  tRNA-Met  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0043  tRNA-Met  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.16192 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4573  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0010  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0017  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0034  tRNA-Met  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.62589  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0039  tRNA-Met  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0033  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0263488  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0020  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00283312  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t22  tRNA-Met  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0013  tRNA-Met  88.24 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2250  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2163  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.214808  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0018  tRNA-Met  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-1  tRNA-Met  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-2  tRNA-Met  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0051  tRNA-Met  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.584124  normal  0.75185 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0015  tRNA-Met  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0036  tRNA-Met  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.756842  normal  0.078862 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0051  tRNA-Met  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.289296 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0009  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.101954  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_R0031  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.213093  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0017  tRNA-Met  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.655239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0036  tRNA-Met  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000000382466  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0048  tRNA-Met  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0036  tRNA-Met  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000106815  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0048  tRNA-Met  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.726502  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0011  tRNA-Met  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00089204  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0018  tRNA-Met  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00237238  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0049  tRNA-Met  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0512381 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0082  tRNA-Met  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0088  tRNA-Met  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0052  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.106885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0011  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0001  tRNA-Met  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.213191 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0041  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.750372  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0023  tRNA-Met  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.216301  normal  0.182837 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0024  tRNA-Met  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0041  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138858  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00052  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00053  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0017  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.687744  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0018  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.701161  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t20  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t22  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t022  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t027  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t54  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.243475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA21  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.929438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA22  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.531556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00104  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R21  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.69623  normal  0.0537905 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R22  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691198  normal  0.0547786 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00100  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00110  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0080  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0081  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0082  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet02  tRNA-Met  88.37 
 
 		 80 bp  46.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00802735  normal  0.195828 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr01  tRNA-Thr  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000642788  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0040  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000251493  hitchhiker  0.0001025 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0076  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0077  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0041  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000296842  normal  0.054295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0076  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0631311  normal  0.3321 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0077  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0627424  normal  0.3321 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0042  tRNA-Met  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00068414  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4693  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.83874  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00106  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0039  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00627079  hitchhiker  0.0000321051 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0036  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.119632  normal  0.136959 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0056  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0057  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0058  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0064  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00380472  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0065  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00366622  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0066  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00171075  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0037  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0436606  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0039  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0436606  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0097  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000407558  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2750  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.88112e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0036  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0037  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.306367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0038  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.161096  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03399  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0074  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000142028  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0075  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000125348  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0076  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000117195  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0077  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852479  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0112  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000290991  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4212  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.353774  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4213  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.355481  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4214  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.426963  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4276  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000119762  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>