More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_R0081 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_R0087  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109101  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0079  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0080  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0081  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0082  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0088  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0114933  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0075  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000125348  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0077  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852479  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0089  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0114933  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0066  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00171075  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0068  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00886368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t055  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  151  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00625421  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t052  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  151  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00629284  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t056  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  151  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0248114  hitchhiker  0.000277414 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t054  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  151  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00636739  hitchhiker  0.000266303 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0067  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00910637  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0086  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0253829  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0085  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0231321  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t027  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t028  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t53  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.313703  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t54  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.243475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA21  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.929438  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA22  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.531556  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R21  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.69623  normal  0.0537905 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R22  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691198  normal  0.0547786 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0039  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0436606  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0036  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0763298  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0076  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0077  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0076  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0631311  normal  0.3321 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0077  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0627424  normal  0.3321 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0068  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.516961 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0059  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00352122  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0037  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0436606  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0056  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0057  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0058  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0074  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000142028  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0076  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000117195  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0058  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00863094  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0057  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00956422  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0064  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00380472  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0065  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00366622  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t057  tRNA-Met  98.68 
 
 
77 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0444035  hitchhiker  0.000266303 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3126t  tRNA-Met  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.355044  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0098  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.514232  decreased coverage  0.00128262 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0085  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.248101  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0082  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0195288  normal  0.0518693 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0038  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.161096  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0067  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.51245 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0061  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00126758  hitchhiker  0.000243294 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0101  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.893911  decreased coverage  0.00145589 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0064  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0037637  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0099  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.69188  decreased coverage  0.00129939 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0037  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.306367  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0067  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00450958  hitchhiker  0.000893697 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0063  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00314729  hitchhiker  0.000241423 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0087  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0086  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.325929  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0066  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.508112 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0080  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0654019  normal  0.0862038 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0060  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00315069  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0062  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00124144  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0036  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706305  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0091  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0065  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0014321  hitchhiker  0.000837814 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t20  tRNA-Met  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t21  tRNA-Met  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.929241  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t22  tRNA-Met  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00110  tRNA-Met  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00106  tRNA-Met  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00100  tRNA-Met  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0108  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0137063  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0018  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.721782  hitchhiker  0.000298186 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0093  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0021  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000313815 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4588  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0112  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0139915  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t029  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t030  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0034  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0865179  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0031  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0036  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0037  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0024  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0236841  normal  0.117231 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0097  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000407558  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0121  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000952956  decreased coverage  0.0000866797 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0084  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0249486  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0038  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0258342  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0023  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00031593 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0110  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0138501  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0073  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000821998  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0090  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0125  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000166673  hitchhiker  0.000558782 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0092  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0107  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0531774  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0036  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.119632  normal  0.136959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0063  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00364456  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0104  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000123497  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>