215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_R0011 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_R0011  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0011  tRNA-Met  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.903466 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0032  tRNA-Met  86.57 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00051  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00052  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00053  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00057  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4080  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0909328  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0017  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.687744  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0018  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.701161  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0019  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.69794  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3315  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.583787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3183  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3152  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.469971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0028  tRNA-Met  84.21 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3202  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.148125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3661  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.677335  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3135  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.369915  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0081  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0699076  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0019  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0070  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0467546  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0013  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000085866 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3547  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.226089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3215  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2956  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.211186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3584  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3201  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.145985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0007  tRNA-Met  84.21 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0038  tRNA-Met  84.21 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.21039  normal  0.321257 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3478  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3479  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.344656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3467  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.139541  normal  0.865403 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0081  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0120643  normal  0.12492 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0067  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0044  tRNA-Met  84.21 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000000108683  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0070  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.628409  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0069  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0763001  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0068  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.141165  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0063  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0070  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0792206  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0080  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0693639  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4212  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.353774  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4213  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.355481  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4214  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.426963  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4276  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000119762  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2955  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.14009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3185  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3216  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0021  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0020  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4693  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.83874  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4694  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4695  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4696  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4700  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00322718  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5064  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.133339  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5065  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.133786  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5066  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.126908  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5071  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.102189  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3153  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.311913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3646  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0026  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.116452  normal  0.378312 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3136  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.364243  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0088  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0282515  hitchhiker  0.000000388022 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3316  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.863126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2957  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.220059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0082  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0688432  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4079  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0890507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3226  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0172509  normal  0.439997 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3227  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0186102  normal  0.434912 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3990  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000448395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4492  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0021  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.790963 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4081  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0905537  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0027  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.992262  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0069  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.043282  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0062  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0029  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.992262  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0052  tRNA-Met  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00733518  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0041  tRNA-Met  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0031  tRNA-Met  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.759834 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0024  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0047  tRNA-Met  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182581 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0035  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0039  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.788311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0044  tRNA-Met  85.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0023  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0024  tRNA-Met  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00230769 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0056  tRNA-Met  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.603033 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0021    83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.24709  hitchhiker  0.00028661 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0027  tRNA-Met  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0082  tRNA-Met  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0057  tRNA-Met  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.492622  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0039  tRNA-Met  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0049  tRNA-Met  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0026  tRNA-Met  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0045  tRNA-Met  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0037  tRNA-Met  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.306367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0038  tRNA-Met  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.161096  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0112  tRNA-Met  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000290991  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>