More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_R0021 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_R0021    100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.24709  hitchhiker  0.00028661 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0026  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0046  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0056  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0027  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0057  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.492622  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0045  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA11  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.113777  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0019  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0016  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0075  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.323397 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0026  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0064  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0523811 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0048  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.816962 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0010  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0031  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0043  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0084  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0057  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.762222  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0024  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00230769 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_R0079  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0056  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.603033 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0046  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.342079 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0069  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00149713  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0039  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0049  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0058  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.547375 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0058  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0349408  decreased coverage  0.0094622 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0003  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0223244  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0040  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0018  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.317768 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0071  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0042  tRNA-Met  97.26 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0007  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0038  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.21039  normal  0.321257 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0039  tRNA-Met  97.26 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0006  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.0000000000568844  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0024  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6011  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.991195 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0048  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.459863  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0054  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0060  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0046  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0025  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.279282  normal  0.0688605 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0022  tRNA-Met  95.83 
 
 
77 bp  119  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0068  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.368098  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4581  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6556  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0062  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0059  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0055  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0036  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0683362 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Met-3  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.390156  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0046  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6553  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0010  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000563126  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt12  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0030  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.197541  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1580  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0015  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0037  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0026  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0035  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0059  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.644136  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0024  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4307  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4351  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4356  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0045  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0053  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.668184 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0060  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.514034  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4553  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0009  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0023  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0041  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0070  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0068  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0081  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.681899  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0054  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.965262  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0068  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.347514  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0076  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00786304  normal  0.218816 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0007  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0188037  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1788  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0993553  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1016  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0059  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0070  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.734677  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0071  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.957172  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0041  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.485765 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0023  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0067  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0061  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.464968  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0263  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1081  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.599791  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0044  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.801756  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0007  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.737492  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0010  tRNA-Met  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201616  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t31  tRNA-Met  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t36  tRNA-Met  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.811288  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0009  tRNA-Met  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-8  tRNA-Met  92.21 
 
 
80 bp  105  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>