296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1169 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1169  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000109978  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  98.91 
 
 		 92 bp  174  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.110057  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0030  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0045  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000150485  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0909337  hitchhiker  0.00840657 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0023  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.455185 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0014  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0045  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000441599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0038  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.231561  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 96 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0033  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.985807  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0041  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.592847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0038  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  96.55 
 
 		 126 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178185  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0050  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0054  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000329774  hitchhiker  1.7085e-24 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0020  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.565194  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0039  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.194122  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0010  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.216172  normal  0.054895 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0038  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0054  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 94 bp  48.1  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309071  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309189  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309285  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309365  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0004  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0554564  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309147  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0114539  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0009  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00103518  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0014  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0025  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.940611  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1946  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0833  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0004  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.679327 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0046  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960989  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0030  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742423 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0059  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.102937  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0057  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.701853  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0036  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.325342  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0029  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0112304  hitchhiker  0.00398859 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0051  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0325227  normal  0.449297 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>