102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_AR0004 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RS04914  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42096  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.269889  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0004  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000188757  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0968  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.228229  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0639  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2668  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.347183  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2409  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0805  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0809  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0022  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.321846  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0015  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0103939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0025  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0688964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0002  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.584734  normal  0.701084 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0003  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.240347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0067  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.021091  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0005  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0046  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00181877  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0073  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000840179  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0070  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0318842  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0073  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0073  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.297512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0048  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.758644  normal  0.700534 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0080  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808922  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0041  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.750372  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0041  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0032  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.216306 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0007  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0044  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0016  tRNA-Met  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00324355  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0004  tRNA-Met  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.425707  normal  0.204781 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0021  tRNA-Met  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152482 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0041  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0045  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00121636  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0034  tRNA-Met  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0062  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000647678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0063  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000418863  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0045  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000133581  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0046  tRNA-Met  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0027  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0015  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.42027  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0014  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.554112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0014  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.289173  normal  0.197708 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0031  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0031  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000643005  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0028  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.546995  normal  0.0230083 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0046  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000652879 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0017  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0042  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0031  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0097  tRNA-Lys  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0004  tRNA-Met  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0465145  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0051  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.584124  normal  0.75185 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0022  tRNA-Met  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.09062 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0054  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.617808  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2866  tRNA-Asn  90.7 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000326187  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2868  tRNA-Asn  90.7 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000077985  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2872  tRNA-Asn  90.7 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0012  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0979779  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0021  tRNA-Met  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0046  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0640461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0021  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14007  tRNA-Met  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0236309 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0020  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.405575 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0034  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>