79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_R0012 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_R0012  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0979779  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0013  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199556  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0053  tRNA-Met  90.38 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0053  tRNA-Met  90.38 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.744028  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0013  tRNA-Met  90.38 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000893597  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0130  tRNA-Met  90.38 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000893597  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0013  tRNA-Met  90.38 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0203721  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0134  tRNA-Met  90.38 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00862891  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0071  tRNA-Met  90.38 
 
 
79 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000131977  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5025  tRNA-Met  90.38 
 
 
79 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000167007  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5628  tRNA-Met  90.38 
 
 
79 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00010832  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5810  tRNA-Met  90.38 
 
 
79 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00215363  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0221  tRNA-Met  90.38 
 
 
79 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000903582  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5249  tRNA-Met  90.38 
 
 
79 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000109559  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0068  tRNA-Met  90.38 
 
 
79 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4994  tRNA-Met  90.38 
 
 
79 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0073  tRNA-Met  90.38 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0138692  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-1  tRNA-Met  90.38 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000564951  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-4  tRNA-Met  90.38 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0012  tRNA-Met  90.38 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0083  tRNA-Met  90.38 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-7  tRNA-Met  90.38 
 
 
80 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000430369  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-6  tRNA-Met  90.38 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237945  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-2  tRNA-Met  90.38 
 
 
80 bp  63.9  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.443451  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-1  tRNA-Met  90.38 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197006  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5645  tRNA-Met  90.38 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000266737  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-6  tRNA-Met  90.38 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00371992  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5723  tRNA-Met  90.38 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00377961  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0009  tRNA-Ile  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.374214 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-8  tRNA-Met  88.46 
 
 
78 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000362106  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-5  tRNA-Met  88.46 
 
 
80 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000422709  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0060  tRNA-Met  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0064072  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15450  tRNA-Val  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0490498  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0017  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000664856  normal  0.0132434 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0032  tRNA-Met  86.54 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2794  tRNA-Met  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000175616  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2791  tRNA-Met  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000913036  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2477  tRNA-Met  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00937631  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2480  tRNA-Met  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0019483  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0564  tRNA-Met  86.54 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0054  tRNA-Met  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0031  tRNA-Met  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0050  tRNA-Met  93.75 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000010044  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0020  tRNA-Met  93.75 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.070977  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0016  tRNA-Met  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000151702  hitchhiker  0.0080631 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0030  tRNA-Met  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00179539  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-1  tRNA-Met  86.54 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.596909  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0968  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.228229  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0038  tRNA-Met  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000704091 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0003  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.240347  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0639  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0067  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.021091  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0004  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000188757  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0005  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108014  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.269889  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04914  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42096  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0015  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0103939  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0022  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.321846  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0041  tRNA-Met  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000202293  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0805  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2409  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0809  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2668  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.347183  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0025  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0688964  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0048  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.758644  normal  0.700534 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0002  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.584734  normal  0.701084 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0053  tRNA-Met  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000890426  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0042  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0017  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0014  tRNA-Lys  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.554112  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0015  tRNA-Lys  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.42027  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>