111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_R0031 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0033  tRNA-His  93.33 
 
 
76 bp  109  9.000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-His-1  tRNA-His  96.49 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tHis01  tRNA-His  89.83 
 
 
80 bp  69.9  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0623  tRNA-His  91.23 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0104886  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0085  tRNA-His  90.57 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.317086  normal  0.564028 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0011  tRNA-His  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0047  tRNA-His  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  88.89 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0030  tRNA-His  90.38 
 
 
73 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0069  tRNA-His  86.76 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000556793  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1684  tRNA-His  88.46 
 
 
77 bp  56  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.592978  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0082  tRNA-His  85.29 
 
 
77 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000305827  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2136  tRNA-His  88.46 
 
 
79 bp  56  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00922633  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2211  tRNA-His  88.46 
 
 
79 bp  56  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.240288  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1469  tRNA-His  88.46 
 
 
74 bp  56  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  87.27 
 
 
74 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0052  tRNA-His  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0296253  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2558  tRNA-His  88.14 
 
 
76 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000105992  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2560  tRNA-His  88.14 
 
 
76 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615036  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  87.27 
 
 
77 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  87.27 
 
 
77 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0048  tRNA-His  88.14 
 
 
76 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000560154  hitchhiker  0.0000786314 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0144  tRNA-His  88.14 
 
 
76 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00158556  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0021  tRNA-His  89.09 
 
 
76 bp  54  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-His-1  tRNA-His  88 
 
 
77 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.34848  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1762  tRNA-His  88 
 
 
77 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2041  tRNA-His  88 
 
 
77 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000147998  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  89.13 
 
 
77 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0044  tRNA-His  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  86.79 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0018  tRNA-His  87.72 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00677914  normal  0.417435 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  86.54 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0088  tRNA-His  85.29 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000578887  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0047  tRNA-His  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0041  tRNA-His  88.46 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.137953 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0043  tRNA-His  88.46 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0021  tRNA-His  86.54 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0582206  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0033  tRNA-His  86.54 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184442  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0049  tRNA-His  83.82 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000343908  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0017  tRNA-His  86.54 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000374304  hitchhiker  0.000000156779 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0034  tRNA-His  86.54 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Val-1  tRNA-Val  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.301674  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt35  tRNA-His  87.23 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.771657 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t026  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t099  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0054  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0058  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0020  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000738141  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0085  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000240103  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0063  tRNA-His  87.23 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000214057  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0064  tRNA-His  87.23 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000223288  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0062  tRNA-Asn  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000647678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0063  tRNA-Asn  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000418863  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0021  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000629735  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0115  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000444508  normal  0.0132879 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0115  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000103194  normal  0.0493795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0136  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000000985784  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0019  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.301906  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0085  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000420943  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0021  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00392038  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0112  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000282154  normal  0.565936 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0033  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0048  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000353919  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0125  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000634368  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0018  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.898186  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0029  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000338332  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0124  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0169657  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0028  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000239191  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0118  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.295265  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0040  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000863654  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0132  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0057  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0970774  normal  0.768528 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1417  tRNA-His  86.44 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0050  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0143  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0386713  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0057  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385214  hitchhiker  0.00196821 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0001  tRNA-Met  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0045  tRNA-Met  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00121636  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0045  tRNA-Asn  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000133581  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0059  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t002  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t095  tRNA-His  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000636762  normal  0.0906455 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0059  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-His-1  tRNA-His  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t24  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0008  tRNA-His  84.48 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00267875  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0041  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.458673  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0067  tRNA-Met  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.021091  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0005  tRNA-Met  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108014  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0024  tRNA-His  88 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000441767  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0022  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0048  tRNA-His  86 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0048  tRNA-Met  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.758644  normal  0.700534 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>