More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0006 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0006  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000433123  normal  0.0757617 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0020  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000252373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0019  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000264705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0036  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000395682  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0015  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000933276  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 79 bp  91.7  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13730  tRNA-Asp  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14160  tRNA-Asp  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08680  tRNA-Asp  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00345298  normal  0.233368 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0044  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.405337 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0049  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0015  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0030  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0037  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0700091  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0777  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0014  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4563  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0298  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00212865  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0014  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2942  tRNA-Asp  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.265359  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2945  tRNA-Asp  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.393325  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2948  tRNA-Asp  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.282487  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2625  tRNA-Asp  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2628  tRNA-Asp  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2631  tRNA-Asp  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.830892  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0046  tRNA-Asp  93.22 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000106741  normal  0.144267 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.520938  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6034  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.93695  normal  0.213156 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2178  tRNA-Asp  92.59 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4317  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.771522  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1160  tRNA-Asp  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0165656  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1156  tRNA-Asp  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00893597  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0043  tRNA-Asp  95.65 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0014  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.791335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0015  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0016  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.816839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0021  tRNA-Asp  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000370726  hitchhiker  0.000000254524 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2182  tRNA-Asp  92.59 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6033  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.908357  normal  0.208238 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0916  tRNA-Asp  92.59 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125153  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0018  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0034  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0035  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1734  tRNA-Asp  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000527786  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1738  tRNA-Asp  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000457664  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0026  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.522695  normal  0.33035 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0051  tRNA-Asp  93.88 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.681144  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t07  tRNA-Asp  93.88 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.802625  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0041  tRNA-Asp  93.88 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0134468  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0060  tRNA-Asp  93.75 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.695834  hitchhiker  0.0000996244 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0022  tRNA-Asp  93.75 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0034  tRNA-Asp  92.16 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.848663  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0005  tRNA-Asp  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0052  tRNA-Asp  91.53 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000156743  normal  0.332639 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0045  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4316  tRNA-Asp  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.742737  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0028  tRNA-Asp  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tAsp01  tRNA-Asp  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0846987  normal  0.356789 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2219  tRNA-Asp  90.74 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>