115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_R0033 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0026  tRNA-Val  97.3 
 
 		 77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0023  tRNA-Val  97.3 
 
 		 77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.169175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0024  tRNA-Val  97.3 
 
 		 77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.469275  hitchhiker  0.0000034793 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0053  tRNA-Val  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0873696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0015  tRNA-Val  97.06 
 
 		 77 bp  119  9e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000205698  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  90.54 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  89.19 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0031  tRNA-Val  89.19 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0117254 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  89.19 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  89.19 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  89.19 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  89.19 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0033  tRNA-Val  89.19 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  89.19 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0032  tRNA-Val  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002348 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0029  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.198673  normal  0.11041 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0001  tRNA-Val  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0038  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.666126  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0040  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.90959  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0036  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000120511 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16810  tRNA-Val  92 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.606714  normal  0.0176901 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0053  tRNA-Val  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0033  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  86.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0045  tRNA-Val  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0449962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0013  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.736454 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0052  tRNA-Val  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.587124 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0048  tRNA-Val  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  87.3 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0049  tRNA-Val  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0038  tRNA-Val  85.14 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00268365  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0026  tRNA-Val  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t11  tRNA-Val  92.86 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.089356  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0035  tRNA-Val  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0028  tRNA-Val  90.48 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.13979  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0024  tRNA-Val  90.48 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0046  tRNA-Val  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.146675 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0022  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.796952  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0793  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0047  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496428  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0036  tRNA-Val  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.432227 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0016  tRNA-Val  90.48 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13860  tRNA-Val  90.48 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0312518  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0044  tRNA-Val  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.311014  normal  0.10516 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0010  tRNA-Val  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  96.55 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAValVIMSS1309132  tRNA-Val  96.55 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  96.55 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0057  tRNA-Val  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385214  hitchhiker  0.00196821 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309269  tRNA-Val  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAValVIMSS1309382  tRNA-Val  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.658487  normal  0.0584078 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07685  tRNA-Ala  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.954113  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0045  tRNA-Ala  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.760301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1374  tRNA-Val  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.110948 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Val-2  tRNA-Val  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000334583  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  83.78 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0028  tRNA-Val  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986707 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0033  tRNA-Val  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.526612  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0035  tRNA-Val  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.522217  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0036  tRNA-Val  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0032  tRNA-Val  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.463355  normal  0.0505941 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0017  tRNA-Val  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0025  tRNA-Val  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.19601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0031  tRNA-Val  93.55 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000451767 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0033  tRNA-Val  93.55 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000837062 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0029  tRNA-Val  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.656534 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0036  tRNA-Val  93.55 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.821341  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13840  tRNA-Val  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150199  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13890  tRNA-Val  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0287375  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna093  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000268933  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna095  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000672543  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna098  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna101  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000041783  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0041  tRNA-Val  83.78 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000505895  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16730  tRNA-Val  93.55 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251043  normal  0.0595565 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16760  tRNA-Val  93.55 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.268589  normal  0.0588163 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0036  tRNA-Val  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0038  tRNA-Val  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_966  tRNA-Val  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00216309  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0036  tRNA-Val  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07715  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.461139  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  90.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAValVIMSS1309100  tRNA-Val  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>