273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_R0047 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  97.3 
 
 		 75 bp  131  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  97.3 
 
 		 75 bp  131  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  97.3 
 
 		 75 bp  131  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  97.3 
 
 		 75 bp  131  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  97.22 
 
 		 72 bp  127  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  97.22 
 
 		 72 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  94.59 
 
 		 75 bp  115  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  93.06 
 
 		 72 bp  103  6e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0033  tRNA-Val  91.89 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0032  tRNA-Val  91.89 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002348 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  91.55 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  91.55 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  91.55 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0013  tRNA-Val  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.736454 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0029  tRNA-Val  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.198673  normal  0.11041 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0036  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000120511 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0040  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.90959  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0033  tRNA-Val  89.19 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0031  tRNA-Val  89.19 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0117254 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0038  tRNA-Val  89.19 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.666126  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0046  tRNA-Val  89.04 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0191389  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16810  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.606714  normal  0.0176901 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0026  tRNA-Val  89.55 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000113953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0045  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0031  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0001  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.709613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6005  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.859444 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07570  tRNA-Val  90.32 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.10137  normal  0.977811 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4328  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0021  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13860  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0312518  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0036  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0258762  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0038  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00268365  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0014  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.167112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0024  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.540332 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0019  tRNA-Val  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0013  tRNA-Val  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688167  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0028  tRNA-Val  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.163089  normal  0.151785 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0059  tRNA-Val  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.40098  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0013  tRNA-Val  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.38084 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0074  tRNA-Val  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0744587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0002  tRNA-Val  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884588  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0043  tRNA-Val  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.125725  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0046  tRNA-Val  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.052544 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0611  tRNA-Val  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0857734  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0028  tRNA-Val  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986707 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0032  tRNA-Val  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.463355  normal  0.0505941 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0029  tRNA-Val  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0033  tRNA-Val  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.526612  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0035  tRNA-Val  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.522217  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0029  tRNA-Val  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0245746  normal  0.0651884 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0044  tRNA-Val  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.311014  normal  0.10516 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0036  tRNA-Val  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0038  tRNA-Val  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0030  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0023  tRNA-Val  86.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.169175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0024  tRNA-Val  86.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.469275  hitchhiker  0.0000034793 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0053  tRNA-Val  86.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0873696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0026  tRNA-Val  86.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0033  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000837062 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16730  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251043  normal  0.0595565 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0065  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0059636  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0031  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000451767 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0041  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000505895  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16760  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.268589  normal  0.0588163 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0041  tRNA-Val  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt01  tRNA-Val  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.762273  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0039  tRNA-Val  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.910644  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4574  tRNA-Val  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0200099  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0050  tRNA-Val  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0073  tRNA-Val  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0048  tRNA-Val  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0187429  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0027  tRNA-Val  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.480715 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09530  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0129641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0953  tRNA-Val  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0044  tRNA-Val  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.306747  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0043  tRNA-Val  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>