146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_R0013 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_R0013  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688167  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0059  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.40098  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0013  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.38084 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0074  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0744587  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0864  hypothetical protein  97.22 
 
 
276 bp  127  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.37521 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0014  tRNA-Val  97.22 
 
 
75 bp  127  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.366276 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0019  tRNA-Val  94.67 
 
 
75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0028  tRNA-Val  94.67 
 
 
75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.163089  normal  0.151785 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0046  tRNA-Val  94.67 
 
 
75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.052544 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0002  tRNA-Val  94.67 
 
 
75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884588  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0026  tRNA-Val  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000113953  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt01  tRNA-Val  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.762273  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0048  tRNA-Val  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0187429  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0043  tRNA-Val  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4574  tRNA-Val  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0200099  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0008  tRNA-Val  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.190638  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0039  tRNA-Val  90.67 
 
 
77 bp  93.7  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.910644  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0044  tRNA-Val  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.306747  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0073  tRNA-Val  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0045  tRNA-Val  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.374674 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0611  tRNA-Val  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0857734  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA13  tRNA-Val  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00601929  normal  0.184013 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  89.71 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0001  tRNA-Val  89.71 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.709613  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0013  tRNA-Val  89.71 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.736454 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  89.71 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6005  tRNA-Val  89.71 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.859444 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0030  tRNA-Val  92.86 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0027  tRNA-Val  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.480715 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0953  tRNA-Val  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0050  tRNA-Val  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0105  tRNA-Val  92.59 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t15  tRNA-Val  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0062  tRNA-Val  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0012  tRNA-Val  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.207104  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0007  tRNA-Val  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0174963 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  88.06 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0053  tRNA-Val  87.32 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.694322  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0005  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0007  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393787  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0005  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.858584  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0047  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0041  tRNA-Val  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0061  tRNA-Val  85.92 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.272807 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0032  tRNA-Val  86.36 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00002348 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0007  tRNA-Val  96.97 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0014  tRNA-Val  96.97 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0194107  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  85.29 
 
 
75 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  85.29 
 
 
75 bp  56  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0039  tRNA-Val  85.29 
 
 
75 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449991  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2440  tRNA-Val  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2943  tRNA-Val  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.24885  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2946  tRNA-Val  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.411322  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2949  tRNA-Val  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.116038  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2150  tRNA-Val  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2626  tRNA-Val  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.888803  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2629  tRNA-Val  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.8453  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2632  tRNA-Val  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.602317  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0043  tRNA-Val  85.29 
 
 
75 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.125725  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0024  tRNA-Val  84.72 
 
 
72 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.422383  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  85.29 
 
 
75 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0040  tRNA-Val  85.29 
 
 
75 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451217  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0001  tRNA-Val  85.29 
 
 
75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.613575  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0035  tRNA-Val  85.29 
 
 
75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.491254  normal  0.639036 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna32  tRNA-Val  85.29 
 
 
75 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0037  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00626142  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0033  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0332381  normal  0.0106585 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  85.07 
 
 
75 bp  54  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0063  tRNA-Val  83.78 
 
 
75 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00355332  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0024  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198375  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0001  tRNA-Val  92.11 
 
 
74 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000456569  normal  0.401472 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  87.04 
 
 
72 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  87.04 
 
 
72 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t075  tRNA-Val  85.51 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t076  tRNA-Val  85.51 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0039  tRNA-Val  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000287509  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0041  tRNA-Val  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000183486  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0061  tRNA-Val  85.51 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000239094  normal  0.0392257 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0056  tRNA-Val  85.51 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000122931  normal  0.695646 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0057  tRNA-Val  85.51 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000113368  normal  0.686257 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0058  tRNA-Val  85.51 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000101774  normal  0.68295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0059  tRNA-Val  85.51 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000125159  normal  0.68295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0060  tRNA-Val  85.51 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000118562  normal  0.692299 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0061  tRNA-Val  85.51 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000062426  normal  0.68295 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0024  tRNA-Val  100 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0168  tRNA-Val  100 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1830  tRNA-Val  100 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.367633  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0054  tRNA-Val  85.51 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000293035  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0055  tRNA-Val  85.51 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000302516  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0056  tRNA-Val  85.51 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000283847  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0057  tRNA-Val  85.51 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000258205  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0058  tRNA-Val  85.51 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000107196  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>