120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_R0065 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_R0065  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0059636  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0053  tRNA-Val  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000250607  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0045  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0046  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000910848  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0043  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000000282186  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0045  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0059  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000382947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0043  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000221825  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0043  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.174816  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  91.07 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  87.32 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0041  tRNA-Val  92.16 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000505895  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0953  tRNA-Val  87.32 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0027  tRNA-Val  87.32 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.480715 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0050  tRNA-Val  87.32 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0021  tRNA-Val  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0036  tRNA-Val  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0258762  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0031  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432364  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t15  tRNA-Val  86.76 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09530  tRNA-Val  97.22 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0129641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0038  tRNA-Val  90.2 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00268365  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0037  tRNA-Val  85.92 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00626142  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0029  tRNA-Val  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0245746  normal  0.0651884 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0053  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.694322  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0020  tRNA-Val  87.3 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07570  tRNA-Val  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.10137  normal  0.977811 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0057  tRNA-Val  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.700226  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0046  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0191389  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07210  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000170104  normal  0.87743 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0024  tRNA-Val  85.51 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.415553  normal  0.401158 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0041  tRNA-Val  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0030  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0033  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.523176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0024  tRNA-Val  84.51 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198375  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0008  tRNA-Val  84.51 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.190638  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0022  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0046  tRNA-Val  84.51 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0061  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.272807 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0043  tRNA-Val  94.12 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0033  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000112986  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0029  tRNA-Val  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.76241 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0021  tRNA-Val  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0043  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172535  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0038  tRNA-Val  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.463505  normal  0.275868 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0041  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.424139  normal  0.210105 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0027  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0757548  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0034  tRNA-Val  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0146998  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0028  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.278514 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-1  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.0049359  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0021  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0144657  normal  0.36354 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0063  tRNA-Val  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00355332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0045  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.218137  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0027  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.60657 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0029  tRNA-Val  93.94 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.575368 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0006  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0009  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0026  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0028  tRNA-Val  93.94 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000436096 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0024  tRNA-Val  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.508678  normal  0.235406 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0042  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288324  hitchhiker  0.00194275 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1555  tRNA-Val  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2615  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.71269  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0044  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.311014  normal  0.10516 
 
 
-
 
NC_003295  RS03462  tRNA-Val  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000504437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0033  tRNA-Val  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0029  tRNA-Val  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  7.23403e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0020  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000127781  normal  0.601367 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0035  tRNA-Val  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000268717  normal  0.222107 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0043  tRNA-Val  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.125725  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0020  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0496105  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0032  tRNA-Val  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0026  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.851542  hitchhiker  0.00348632 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0064  tRNA-Val  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.022514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  83.1 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0056  tRNA-Val  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0007  tRNA-Val  83.1 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0174963 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA28  tRNA-Val  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>