More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_R0042 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  147  4.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  143  7e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  143  7e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  97.3 
 
 		 75 bp  131  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0033  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0032  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002348 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0013  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.736454 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0029  tRNA-Val  93.24 
 
 		 75 bp  107  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.198673  normal  0.11041 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  93.06 
 
 		 72 bp  103  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0036  tRNA-Val  91.89 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000120511 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0031  tRNA-Val  91.89 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0117254 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0033  tRNA-Val  91.89 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0038  tRNA-Val  91.89 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.666126  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0040  tRNA-Val  91.89 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.90959  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  91.78 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0046  tRNA-Val  91.78 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0191389  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  91.78 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  91.78 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  91.78 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  91.78 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  91.78 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  91.78 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16810  tRNA-Val  91.67 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.606714  normal  0.0176901 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  91.67 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0045  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6005  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.859444 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0036  tRNA-Val  90.41 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0258762  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0021  tRNA-Val  90.41 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0038  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00268365  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13860  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0312518  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0038  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0029  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0245746  normal  0.0651884 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0036  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0044  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.311014  normal  0.10516 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0033  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.526612  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0035  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.522217  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0029  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0028  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986707 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0032  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.463355  normal  0.0505941 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0053  tRNA-Val  89.61 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0873696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0023  tRNA-Val  89.61 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.169175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0024  tRNA-Val  89.61 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.469275  hitchhiker  0.0000034793 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0026  tRNA-Val  89.33 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16760  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.268589  normal  0.0588163 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0041  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000505895  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16730  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251043  normal  0.0595565 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0031  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000451767 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0033  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000837062 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-2  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.516841  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0001  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.613575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0061  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.700263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0025  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.149964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3052  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.728072  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-4  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.464554  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0051  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000353155  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2783  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0812706  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2705  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0047  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1831  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0089  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347614  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0026  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0061  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1539  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.051003  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0061  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0059  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0033  tRNA-Val  89.19 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0027  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.60657 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0038  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.827791  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0024  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000776805  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0035  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.491254  normal  0.639036 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2266  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248753  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13890  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0287375  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13840  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150199  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0029  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.575368 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0014  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.167112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0069  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00232154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0021  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0028  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000436096 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0015  tRNA-Val  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000205698  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0036  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.821341  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>