130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0026 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000113953  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt01  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.762273  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0048  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0187429  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0039  tRNA-Val  97.33 
 
 		 77 bp  133  6e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.910644  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0044  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.306747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0073  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0045  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.374674 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4574  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0200099  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0043  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0611  tRNA-Val  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0857734  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0059  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.40098  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0013  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.38084 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0074  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0744587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0028  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.163089  normal  0.151785 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0002  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884588  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0013  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688167  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0046  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.052544 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0019  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0864  hypothetical protein  94.2 
 
 		 276 bp  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.37521 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0014  tRNA-Val  94.2 
 
 		 75 bp  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.366276 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  94.12 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0008  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.190638  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0041  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0047  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0001  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.709613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6005  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.859444 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0953  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0027  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.480715 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0050  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA13  tRNA-Val  89.86 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00601929  normal  0.184013 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t15  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0062  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0017  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.225526  normal  0.0844719 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0004  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  89.55 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0013  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.736454 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0030  tRNA-Val  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  89.47 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0016  tRNA-Val  88.52 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000321371  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0001  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.613575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0035  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.491254  normal  0.639036 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0043  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.125725  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna32  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0039  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0040  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0033  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000112986  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0012  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.207104  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0007  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0174963 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0044  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0020  tRNA-Val  87.93 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03462  tRNA-Val  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000504437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0033  tRNA-Val  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0068  tRNA-Val  86.89 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.064456  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0035  tRNA-Val  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000268717  normal  0.222107 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0007  tRNA-Val  96.97 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0032  tRNA-Val  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0014  tRNA-Val  96.97 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0194107  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-2  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.516841  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0045  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4309  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0001  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0029  tRNA-Val  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.198673  normal  0.11041 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0031  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0046  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0046  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0027  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0757548  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07570  tRNA-Val  85.71 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.10137  normal  0.977811 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0028  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.278514 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0105  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0057  tRNA-Val  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.700226  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0053  tRNA-Val  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.694322  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0061  tRNA-Val  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.272807 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>