165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0057 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_R0057  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.700226  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0028  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.278514 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0029  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  7.23403e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0027  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0757548  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0024  tRNA-Val  93.55 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.415553  normal  0.401158 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0014  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.629466 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0041  tRNA-Val  92.06 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.424139  normal  0.210105 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0093  tRNA-Val  97.62 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0063  tRNA-Val  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00355332  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0015  tRNA-Val  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0058257  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0014  tRNA-Val  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0053  tRNA-Val  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000250607  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0046  tRNA-Val  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000910848  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-1  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.0049359  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0007  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.237633  hitchhiker  0.00714084 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0021  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0144657  normal  0.36354 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0045  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.218137  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2615  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.71269  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0042  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288324  hitchhiker  0.00194275 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t15  tRNA-Val  91.3 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0027  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.480715 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0050  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0008  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.190638  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0953  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0065  tRNA-Val  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0059636  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0043  tRNA-Val  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000000282186  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0068  tRNA-Val  92.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.064456  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0016  tRNA-Val  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000321371  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0044  tRNA-Val  92.5 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0036  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0258762  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0059  tRNA-Val  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000382947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000016484  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0038  tRNA-Val  92.5 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00268365  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0045  tRNA-Val  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0021  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0045  tRNA-Val  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0009  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000259067  hitchhiker  0.000000000126402 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0041  tRNA-Val  94.29 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000505895  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0065  tRNA-Val  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0026  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.851542  hitchhiker  0.00348632 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0028  tRNA-Val  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.464795  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0020  tRNA-Val  90.7 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-2  tRNA-Val  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.516841  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0031  tRNA-Val  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.057517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0038  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA13  tRNA-Val  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00601929  normal  0.184013 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0041  tRNA-Val  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0026  tRNA-Val  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000113953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0020  tRNA-Val  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0496105  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000348872 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0042  tRNA-Val  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.209916  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0005  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0043  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172535  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0040  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309267  tRNA-Val  90.24 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA51  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0701295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0031  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0052  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05587  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000149657  normal  0.0701364 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000416702  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0071  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0072869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0056  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0111608  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0069  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00993164  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0028  tRNA-Val  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.13979  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0046  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.146675 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0020  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3085  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000338041  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0014  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000027785  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0013  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000441208  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0046  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0468144  normal  0.358768 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3187  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000488058  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1905  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000256586  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3763  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152532  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3825  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.366335  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0005  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0011  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137284  normal  0.0115711 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0014  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116743  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0046  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0014  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000427945  normal  0.583386 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>