294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_R0046 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_R0052    100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0019  tRNA-Val  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0046  tRNA-Val  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.052544 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0028  tRNA-Val  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.163089  normal  0.151785 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA13  tRNA-Val  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00601929  normal  0.184013 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0002  tRNA-Val  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884588  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0008  tRNA-Val  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.190638  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0062  tRNA-Val  94.67 
 
 
75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt01  tRNA-Val  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.762273  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0043  tRNA-Val  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0027  tRNA-Val  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.480715 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0045  tRNA-Val  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.374674 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0050  tRNA-Val  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0048  tRNA-Val  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0187429  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0953  tRNA-Val  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0044  tRNA-Val  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.306747  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0039  tRNA-Val  93.33 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.910644  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0073  tRNA-Val  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4574  tRNA-Val  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0200099  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t15  tRNA-Val  93.06 
 
 
72 bp  103  6e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0039  tRNA-Val  94.12 
 
 
75 bp  103  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449991  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna32  tRNA-Val  94.12 
 
 
75 bp  103  6e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0040  tRNA-Val  94.12 
 
 
75 bp  103  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451217  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0013  tRNA-Val  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688167  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0059  tRNA-Val  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.40098  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0013  tRNA-Val  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.38084 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0074  tRNA-Val  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0744587  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0611  tRNA-Val  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0857734  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0046  tRNA-Val  92.65 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0046  tRNA-Val  92.65 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0068  tRNA-Val  94.92 
 
 
72 bp  93.7  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.064456  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0026  tRNA-Val  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000113953  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0041  tRNA-Val  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0043  tRNA-Val  91.18 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.125725  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  91.18 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0012  tRNA-Val  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.207104  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0007  tRNA-Val  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0174963 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0016  tRNA-Val  93.22 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000321371  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0044  tRNA-Val  94.44 
 
 
72 bp  83.8  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  94.44 
 
 
75 bp  83.8  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0047  tRNA-Val  89.71 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0020  tRNA-Val  89.71 
 
 
72 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0014  tRNA-Val  88.89 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.366276 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0864  hypothetical protein  88.89 
 
 
276 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.37521 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-2  tRNA-Val  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.516841  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0005  tRNA-Val  88.73 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.858584  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0014  tRNA-Val  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0194107  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0007  tRNA-Val  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0005  tRNA-Val  88.73 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0007  tRNA-Val  88.73 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393787  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  92.59 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0035  tRNA-Val  88.24 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.491254  normal  0.639036 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  93.75 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000016484  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  93.75 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0001  tRNA-Val  88.24 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.613575  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  92.16 
 
 
72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0024  tRNA-Val  95.35 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.415553  normal  0.401158 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0053  tRNA-Val  87.32 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.694322  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  92.16 
 
 
72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0029  tRNA-Val  95.24 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  7.23403e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  90.74 
 
 
72 bp  67.9  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_003295  RS03462  tRNA-Val  89.47 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000504437  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  89.47 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0033  tRNA-Val  89.47 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0032  tRNA-Val  89.47 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0035  tRNA-Val  89.47 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000268717  normal  0.222107 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0038  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.827791  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  89.29 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-4  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.464554  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0051  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000353155  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2266  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248753  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2783  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0812706  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0045  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4309  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3052  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.728072  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1831  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0033  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.675019  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1539  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.051003  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0061  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17954  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0001  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.709613  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0089  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347614  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0025  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.149964  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0061  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0059  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0061  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.700263  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0001  tRNA-Val  86.76 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>