297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Val-2 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.516841  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0045  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0033  tRNA-Val  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000112986  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  95.83 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3052  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.728072  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-4  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.464554  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0051  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000353155  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2783  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0812706  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1539  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.051003  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1831  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0025  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.149964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0089  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347614  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0043  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172535  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0038  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.827791  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0061  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2266  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248753  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0059  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0061  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.700263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0061  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2705  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0069  tRNA-Val  94.44 
 
 		 72 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00232154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0027  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.480715 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0038  tRNA-Val  96.61 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.405817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0008  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.190638  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0054  tRNA-Val  96.61 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0021  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0036  tRNA-Val  96.61 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.012717  normal  0.28653 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0953  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0050  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03462  tRNA-Val  92.75 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000504437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  92.75 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0033  tRNA-Val  92.75 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0035  tRNA-Val  92.75 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000268717  normal  0.222107 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0032  tRNA-Val  92.75 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  92.75 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t15  tRNA-Val  91.67 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0040  tRNA-Val  96.43 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0043  tRNA-Val  92.65 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.125725  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0039  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.867547  hitchhiker  0.000112761 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0044  tRNA-Val  94.92 
 
 		 72 bp  93.7  5e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0020  tRNA-Val  90.41 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0496105  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0046  tRNA-Val  90.41 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0191389  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0041  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0047  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0024  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.508678  normal  0.235406 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0031  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1555  tRNA-Val  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0013  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.736454 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0033  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.675019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  89.19 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0020  tRNA-Val  90.77 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0024  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0053  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.694322  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0026  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.289153  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0024  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0054  tRNA-Val  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.452754 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0033  tRNA-Val  97.67 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.417865  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0026  tRNA-Val  91.53 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.142579 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0032  tRNA-Val  97.67 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.297766  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0012  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.207104  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0062  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0031  tRNA-Val  97.67 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.453935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0027  tRNA-Val  97.67 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00767943 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0007  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0174963 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0026  tRNA-Val  97.67 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00797883 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0032  tRNA-Val  97.67 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.44499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna47  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.625367  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0052  tRNA-Val  97.67 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.222044  normal  0.0244207 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0054  tRNA-Val  97.67 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.163017  normal  0.0248084 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0053  tRNA-Val  97.67 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165796  normal  0.0236662 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0055  tRNA-Val  97.67 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0679296  normal  0.0243248 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0030  tRNA-Val  97.67 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0018  tRNA-Val  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  88.41 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  88.41 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  88.41 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  88.41 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>