234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0031 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_R0031  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.057517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0014  tRNA-Val  97.67 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.629466 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  97.56 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  97.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000016484  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  97.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  97.56 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  97.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0066  tRNA-Val  88 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00442679  hitchhiker  0.000900174 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0079  tRNA-Val  88 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0663805  normal  0.0847945 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0029  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  7.23403e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0081  tRNA-Val  88 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0183039  normal  0.0880297 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0084  tRNA-Val  88 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0193203  normal  0.0545316 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0109  tRNA-Val  88 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124836  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0111  tRNA-Val  88 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0150231  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0060  tRNA-Val  88 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00132937  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0024  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.415553  normal  0.401158 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0068  tRNA-Val  88 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0104216  hitchhiker  0.000843897 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0017  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00199817  normal  0.0150591 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0028  tRNA-Val  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.278514 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0027  tRNA-Val  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0757548  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0016  tRNA-Val  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000321371  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0062  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0044  tRNA-Val  92 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0068  tRNA-Val  95.24 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.064456  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna32  tRNA-Val  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0040  tRNA-Val  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0039  tRNA-Val  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAValVIMSS1309382  tRNA-Val  95.12 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.658487  normal  0.0584078 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309269  tRNA-Val  95.12 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0046  tRNA-Val  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0046  tRNA-Val  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0050  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00165947  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  93.02 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    93.02 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  93.02 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  93.02 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  93.02 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  93.02 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA13  tRNA-Val  93.02 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00601929  normal  0.184013 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0093  tRNA-Val  89.09 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-1  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.0049359  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0042  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288324  hitchhiker  0.00194275 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0044  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.320122  normal  0.198064 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0021  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0144657  normal  0.36354 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0040  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0088  tRNA-Val  87.69 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.109488  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0051  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.223947  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0045  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.218137  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2615  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.71269  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0040  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00410606 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0046  tRNA-Gly  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0007  tRNA-Gly  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0005  tRNA-Gly  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0042  tRNA-Gly  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0010  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.194881 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0023  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.885733 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0044  tRNA-Gly  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.69312  normal  0.302799 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4576  tRNA-Gly  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0021  tRNA-Val  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt08  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.711822  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt09  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.745225  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0052  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0061  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.638683  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0959  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0001    87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0451223 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0058  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0026  tRNA-Val  88.46 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.851542  hitchhiker  0.00348632 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0015  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.409791  hitchhiker  0.00133566 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0014  tRNA-Val  88.46 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0060  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.312952  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0004  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54255  normal  0.0153905 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0014  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.854137  normal  0.0928806 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0001  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0045  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.471231 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0059  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.07343  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0005  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.118248  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0060  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.766632 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0054  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.290496  normal  0.747562 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0052  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.165358 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0024  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113773  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0063  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0046  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0037  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0060  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.18005  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0055  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.9646 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0069  tRNA-Val  85.33 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000229538  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0070  tRNA-Val  85.33 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000820033  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0040  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0471615  normal  0.863144 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0036  tRNA-Val  94.29 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0036  tRNA-Val  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.821341  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0053  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAValVIMSS1309100  tRNA-Val  94.29 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAValVIMSS1309173  tRNA-Val  94.29 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.124324  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0057  tRNA-Val  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.700226  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0090  tRNA-Val  91.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000384332  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0100  tRNA-Val  91.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00395733  normal  0.242808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0101  tRNA-Val  91.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.003873  normal  0.249554 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>