48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_R0040 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_R0040  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0051  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.223947  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0040  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00410606 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0042  tRNA-Val  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288324  hitchhiker  0.00194275 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2615  tRNA-Val  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.71269  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-1  tRNA-Val  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.0049359  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0028  tRNA-Val  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.464795  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0045  tRNA-Val  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.218137  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0021  tRNA-Val  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0144657  normal  0.36354 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0008  tRNA-Val  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.153849  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0029  tRNA-Val  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  7.23403e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0024  tRNA-Val  86.96 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.415553  normal  0.401158 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0031  tRNA-Val  92.86 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.057517  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0034  tRNA-Val  85.14 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.247244 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0014  tRNA-Val  89.58 
 
 
72 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.629466 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0014  tRNA-Val  87.04 
 
 
75 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0031  tRNA-Val  83.78 
 
 
75 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.152656  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0043  tRNA-Val  84.62 
 
 
72 bp  50.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  90 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000016484  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  90 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0001  tRNA-Val  89.58 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  90 
 
 
72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  90 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  90 
 
 
72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0023  tRNA-Val  86.21 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.885733 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0010  tRNA-Val  86.21 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.194881 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0057  tRNA-Val  85.45 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.700226  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0036  tRNA-Val  93.55 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0028  tRNA-Val  96.3 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.278514 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0027  tRNA-Val  96.3 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0757548  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAValVIMSS1309100  tRNA-Val  93.55 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAValVIMSS1309173  tRNA-Val  93.55 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.124324  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0028  tRNA-Gly  85.45 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000319369  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4576  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0007  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0046  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    86.96 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0005  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  86.96 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0042  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  86.96 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6044  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000603563  normal  0.0893983 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  86.96 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  86.96 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0062  tRNA-Val  86.96 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0044  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.69312  normal  0.302799 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  86.96 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>