125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_R0028 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0027  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0757548  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0028  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.278514 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0057  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.700226  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0015  tRNA-Val  93.15 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0058257  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0001  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000016484  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0029  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  7.23403e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0031  tRNA-Val  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.057517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0024  tRNA-Val  90.57 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.415553  normal  0.401158 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0093  tRNA-Val  90.57 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09530  tRNA-Val  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0129641  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-1  tRNA-Val  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.0049359  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t15  tRNA-Val  91.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0021  tRNA-Val  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0144657  normal  0.36354 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0045  tRNA-Val  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.218137  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0008  tRNA-Val  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.190638  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0953  tRNA-Val  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0027  tRNA-Val  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.480715 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0042  tRNA-Val  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288324  hitchhiker  0.00194275 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0050  tRNA-Val  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2615  tRNA-Val  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.71269  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0016  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000321371  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0021  tRNA-Val  92.86 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0026  tRNA-Val  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.851542  hitchhiker  0.00348632 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0068  tRNA-Val  92.86 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.064456  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07210  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000170104  normal  0.87743 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0014  tRNA-Val  87.72 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.629466 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0033  tRNA-Val  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.523176  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0044  tRNA-Val  92.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0041  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.424139  normal  0.210105 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0020  tRNA-Val  90.91 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-2  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.516841  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0065  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0015  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00000000030839  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0030  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000000857099  normal  0.523891 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA13  tRNA-Val  90.7 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00601929  normal  0.184013 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0053  tRNA-Val  90.7 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000250607  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0041  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0046  tRNA-Val  90.7 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000910848  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0026  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000113953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0028  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.464795  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0028  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0065  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0059636  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0043  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000000282186  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0014  tRNA-Val  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0017  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00199817  normal  0.0150591 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0012  tRNA-Ile  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.021618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0048  tRNA-Ile  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.884933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0054  tRNA-Ile  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0036  tRNA-Ile  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0216959 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  90.24 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0045  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  90.24 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0043  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.125725  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  90.24 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0021  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0020  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0496105  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0038  tRNA-Val  90.24 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00268365  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0036  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0258762  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0014  tRNA-Val  90.24 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  90.24 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  90.24 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0013  tRNA-Val  90.24 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0043  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172535  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0012  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000603563  normal  0.0893983 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0040  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0031  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0074  tRNA-Val  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0744587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0008  tRNA-Val  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.153849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0045  tRNA-Val  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0028  tRNA-Val  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.163089  normal  0.151785 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0046  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0045  tRNA-Val  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0040  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00410606 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>