79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccur_07210 on replicon NC_013170
Organism: Cryptobacterium curtum DSM 15641



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013170  Ccur_07210  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000170104  normal  0.87743 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09530  tRNA-Val  94.67 
 
 
75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0129641  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0030  tRNA-Val  94.74 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000000857099  normal  0.523891 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0025  tRNA-Val  90.28 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.962727  normal  0.312894 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0029  tRNA-Val  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0245746  normal  0.0651884 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000016484  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0041  tRNA-Val  95.92 
 
 
72 bp  81.8  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000505895  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  92.98 
 
 
72 bp  81.8  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  94.12 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  94.12 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  94.12 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  95.56 
 
 
72 bp  73.8  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0038  tRNA-Val  95.56 
 
 
72 bp  73.8  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00268365  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0033  tRNA-Val  93.75 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.523176  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0036  tRNA-Val  97.44 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0258762  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07570  tRNA-Val  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.10137  normal  0.977811 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  97.44 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  97.44 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  97.44 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  97.44 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  97.44 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0021  tRNA-Val  97.44 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  97.44 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622318  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0021  tRNA-Val  93.33 
 
 
72 bp  65.9  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0008  tRNA-Val  91.67 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000957098  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0027  tRNA-Val  91.49 
 
 
72 bp  61.9  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000730329  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0065  tRNA-Val  90 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0059636  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0027  tRNA-Val  88.89 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0757548  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0028  tRNA-Val  88.89 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.278514 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0028  tRNA-Val  94.74 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.464795  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0043  tRNA-Val  92.5 
 
 
75 bp  56  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000000282186  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1385  tRNA-Val  89.36 
 
 
72 bp  54  0.000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0561605 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0053  tRNA-Val  92.11 
 
 
75 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000250607  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0043  tRNA-Val  92.11 
 
 
75 bp  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000221825  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2615  tRNA-Val  92.11 
 
 
75 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.71269  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0042  tRNA-Val  92.11 
 
 
75 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288324  hitchhiker  0.00194275 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-1  tRNA-Val  92.11 
 
 
75 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.0049359  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0045  tRNA-Val  92.11 
 
 
75 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.218137  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0043  tRNA-Val  92.11 
 
 
75 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.174816  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0046  tRNA-Val  92.11 
 
 
75 bp  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000910848  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0021  tRNA-Val  92.11 
 
 
75 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0144657  normal  0.36354 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0041  tRNA-Val  88.89 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.424139  normal  0.210105 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0048  tRNA-Val  96.55 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.546388  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  88.89 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  88.89 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  88.89 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0037  tRNA-Val  84.21 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00204676  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0039  tRNA-Val  84.21 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00777868  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0059  tRNA-Val  91.67 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000382947  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10750  tRNA-Val  100 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0216656  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0033  tRNA-Val  82.67 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000112986  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0032  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.463355  normal  0.0505941 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0028  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00986707 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0057  tRNA-Val  91.43 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.700226  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0026  tRNA-Val  84.75 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0038  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0036  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16760  tRNA-Val  100 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.268589  normal  0.0588163 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16730  tRNA-Val  100 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251043  normal  0.0595565 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0033  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.526612  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0035  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.522217  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0029  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  85.45 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0041  tRNA-Val  100 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.532077  normal  0.0646966 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13890  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0287375  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13840  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150199  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0033  tRNA-Val  100 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000837062 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0031  tRNA-Val  100 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000451767 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0027  tRNA-Val  84.75 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.60657 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  89.74 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0045  tRNA-Val  89.47 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0001  tRNA-Ile  89.47 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0028  tRNA-Thr  85.19 
 
 
72 bp  44.1  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0029  tRNA-Val  88.1 
 
 
72 bp  44.1  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.575368 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0001  tRNA-Ile  89.47 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0037  tRNA-Val  96.15 
 
 
78 bp  44.1  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0028  tRNA-Val  88.1 
 
 
72 bp  44.1  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000436096 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0045  tRNA-Val  89.47 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>