114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_09530 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_09530  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0129641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07210  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000170104  normal  0.87743 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07570  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.10137  normal  0.977811 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0030  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000000857099  normal  0.523891 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000016484  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13860  tRNA-Val  91.84 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0312518  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  89.47 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0021  tRNA-Val  91.67 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0027  tRNA-Val  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0757548  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0065  tRNA-Val  97.22 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0059636  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0028  tRNA-Val  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.278514 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0026  tRNA-Val  88.33 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.851542  hitchhiker  0.00348632 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0048  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.546388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0027  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.60657 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0026  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0029  tRNA-Val  87.93 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.575368 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0028  tRNA-Val  87.93 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000436096 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0033  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  89.8 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0033  tRNA-Val  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.523176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0008  tRNA-Val  84.93 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000957098  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  89.8 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  89.8 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0044  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.311014  normal  0.10516 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0038  tRNA-Val  89.8 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00268365  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0021  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0053  tRNA-Val  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000250607  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0027  tRNA-Val  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000730329  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0036  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0258762  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0029  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0245746  normal  0.0651884 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0046  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0191389  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0038  tRNA-Val  89.36 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.463505  normal  0.275868 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0037  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0043  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000221825  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0041  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0043  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.174816  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15510  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00141573  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-1  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.0049359  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0021  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0144657  normal  0.36354 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0045  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.218137  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0046  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000910848  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0042  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288324  hitchhiker  0.00194275 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2615  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.71269  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  87.76 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  87.76 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  87.76 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0041  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000505895  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1385  tRNA-Val  83.33 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0561605 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t15  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0037  tRNA-Val  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0045  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0953  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0043  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000000282186  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0045  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0027  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.480715 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0059  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000382947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0050  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0014  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0013  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0028  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0039  tRNA-Val  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.867547  hitchhiker  0.000112761 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0033  tRNA-Val  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000112986  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0029  tRNA-Val  87.23 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.76241 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0041  tRNA-Val  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.424139  normal  0.210105 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0034  tRNA-Val  87.23 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0146998  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0028  tRNA-Val  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0063  tRNA-Val  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.741524  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0053    89.47 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0056  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1713  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1726  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.826241  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0083  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000012865  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0034  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1273  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1522  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2158  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2187  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2230  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2237  tRNA-Ile  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>