57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1385 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1385  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0561605 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0027  tRNA-Val  98.61 
 
 		 72 bp  135  1.9999999999999998e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000730329  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0008  tRNA-Val  98.61 
 
 		 75 bp  135  1.9999999999999998e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000957098  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13890  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0287375  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13840  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150199  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0029  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0028  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986707 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0038  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0036  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16760  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.268589  normal  0.0588163 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16730  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251043  normal  0.0595565 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0044  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.311014  normal  0.10516 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15510  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00141573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0033  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000837062 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0031  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000451767 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0032  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.463355  normal  0.0505941 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0033  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.526612  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0035  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.522217  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0037  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10750  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0216656  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0026  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0024  tRNA-Val  88.33 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0046  tRNA-Val  88.33 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.146675 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0001  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.709613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000016484  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0028  tRNA-Val  88.33 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.13979  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0028  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000436096 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0029  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.575368 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0027  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.60657 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0016  tRNA-Val  88.33 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0041  tRNA-Val  93.02 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.532077  normal  0.0646966 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0039  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.867547  hitchhiker  0.000112761 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0040  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.90959  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0033  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0038  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.666126  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16810  tRNA-Val  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.606714  normal  0.0176901 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0036  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000120511 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07210  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000170104  normal  0.87743 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309267  tRNA-Val  94.29 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  89.36 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0013  tRNA-Val  93.94 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0014  tRNA-Val  93.94 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09530  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0129641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0029  tRNA-Val  85 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.198673  normal  0.11041 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1386  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0550643 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0030  tRNA-Val  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000000857099  normal  0.523891 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0057  tRNA-Val  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.700226  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0026  tRNA-Val  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.851542  hitchhiker  0.00348632 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0028  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.278514 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0015  tRNA-Val  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0058257  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0027  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0757548  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0027  tRNA-Val  86.21 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0024  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.831109  normal  0.249045 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>