152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_R0042 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_R0042  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288324  hitchhiker  0.00194275 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2615  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.71269  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-1  tRNA-Val  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.0049359  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0021  tRNA-Val  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0144657  normal  0.36354 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0028  tRNA-Val  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.464795  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0045  tRNA-Val  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.218137  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0008  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.153849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0051  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.223947  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0040  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0040  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00410606 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0029  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  7.23403e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0041  tRNA-Val  94.44 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.424139  normal  0.210105 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0024  tRNA-Val  89.86 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.415553  normal  0.401158 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0066  tRNA-Val  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.011758  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0043  tRNA-Val  87.69 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000016484  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0036  tRNA-Val  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0057  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.700226  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0028  tRNA-Val  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.278514 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0021  tRNA-Val  90.2 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0027  tRNA-Val  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0757548  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0031  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.057517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0036  tRNA-Val  94.74 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.821341  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0014  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0016  tRNA-Val  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000321371  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0068  tRNA-Val  92.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.064456  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0044  tRNA-Val  92.5 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0053  tRNA-Val  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000250607  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0014  tRNA-Val  89.58 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.629466 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0046  tRNA-Val  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000910848  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0054  tRNA-Ala  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0018  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0063  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0040  tRNA-Val  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.949801 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0029  tRNA-Val  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.76241 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0042  tRNA-Val  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.206576  normal  0.0624418 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0046  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0191389  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09530  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0129641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0010  tRNA-Val  84.42 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.239466  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07210  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000170104  normal  0.87743 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA13  tRNA-Val  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00601929  normal  0.184013 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0033  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.523176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0034  tRNA-Val  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0146998  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0046  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0019  tRNA-Val  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.941577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0065  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0059636  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0043  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000000282186  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0036  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0258762  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0025  tRNA-Val  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000321659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0038  tRNA-Val  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00268365  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0038  tRNA-Val  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.463505  normal  0.275868 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0007  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00275012  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0034  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.247244 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0025  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000185989  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0039  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000281938  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0039  tRNA-Val  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0173168  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0045  tRNA-Val  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0021  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0025  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000151787  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0040  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000050813  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0045  tRNA-Val  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309269  tRNA-Val  91.43 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0008  tRNA-Val  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.190638  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0019  tRNA-Val  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0023  tRNA-Val  86.21 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.885733 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0043  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.174816  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0060  tRNA-Val  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00132937  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0066  tRNA-Val  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00442679  hitchhiker  0.000900174 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0068  tRNA-Val  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0104216  hitchhiker  0.000843897 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>