103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_R0034 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0029  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.76241 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0034  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0146998  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0038  tRNA-Val  93.06 
 
 		 72 bp  103  5e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.463505  normal  0.275868 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0046  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0191389  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0021  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0043  tRNA-Val  89.29 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-4  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.464554  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0051  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000353155  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2783  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0812706  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0069  tRNA-Val  90 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00232154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1831  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0054  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0089  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347614  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0061  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0059  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2266  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248753  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3052  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.728072  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2705  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1539  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.051003  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0025  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.149964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0061  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.700263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0061  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0038  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.405817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0036  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.012717  normal  0.28653 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0038  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.827791  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0036  tRNA-Val  89.8 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.821341  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03462  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000504437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0033  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0035  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000268717  normal  0.222107 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0031  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.453935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0032  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.44499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0026  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00797883 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0027  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00767943 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0030  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0054  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.452754 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0052  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.222044  normal  0.0244207 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0053  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165796  normal  0.0236662 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0054  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.163017  normal  0.0248084 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0055  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0679296  normal  0.0243248 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0018  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0024  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.508678  normal  0.235406 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1555  tRNA-Val  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0032  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.297766  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0033  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.417865  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0032  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0039  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.867547  hitchhiker  0.000112761 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0033  tRNA-Val  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000112986  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0026  tRNA-Val  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.289153  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0040  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0065  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0059636  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0020  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0496105  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0024  tRNA-Val  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0042  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288324  hitchhiker  0.00194275 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2615  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.71269  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0024  tRNA-Val  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  88 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0044  tRNA-Val  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.311014  normal  0.10516 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0053    85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0048  tRNA-Val  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0268651  normal  0.468066 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0060  tRNA-Val  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00507823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0064  tRNA-Val  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.022514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0056  tRNA-Val  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA28  tRNA-Val  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0017  tRNA-Val  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.757994  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0033  tRNA-Val  87.76 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-2  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.516841  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0045  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0065  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0017  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0043  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172535  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1816  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0041  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.424139  normal  0.210105 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0043  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.125725  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0051  tRNA-Val  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.959203 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0001  tRNA-Val  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000207511  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0057  tRNA-Ile  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0037  tRNA-Val  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0260915  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09530  tRNA-Val  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0129641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  86.27 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2270  hypothetical protein  93.33 
 
 		 333 bp  44.1  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0009  tRNA-Gly  100 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.886976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0016  tRNA-Ala  87.04 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000587124  normal  0.11774 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0027  tRNA-Ala  87.04 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000535173  decreased coverage  0.000361063 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0017  tRNA-Val  85.19 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.598097  normal  0.464383 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0041  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0041  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0784234  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna47  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.625367  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0028  tRNA-Val  85.19 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.464795  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>