184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_R0020 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_R0020  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t15  tRNA-Val  97.06 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0050  tRNA-Val  97.06 
 
 		 75 bp  119  9e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0953  tRNA-Val  97.06 
 
 		 75 bp  119  9e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0027  tRNA-Val  97.06 
 
 		 75 bp  119  9e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.480715 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0041  tRNA-Val  98.28 
 
 		 75 bp  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  94.12 
 
 		 75 bp  103  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0012  tRNA-Val  92.65 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.207104  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0007  tRNA-Val  92.65 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0174963 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0031  tRNA-Val  96.43 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0024  tRNA-Val  94.83 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198375  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0043  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.125725  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0005  tRNA-Val  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0007  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0007  tRNA-Val  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393787  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0005  tRNA-Val  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.858584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0008  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.190638  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0014  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0194107  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-2  tRNA-Val  90.77 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.516841  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03462  tRNA-Val  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000504437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0033  tRNA-Val  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0035  tRNA-Val  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000268717  normal  0.222107 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0032  tRNA-Val  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0053  tRNA-Val  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.694322  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0045  tRNA-Val  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0062  tRNA-Val  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0061  tRNA-Val  89.06 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.272807 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA13  tRNA-Val  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00601929  normal  0.184013 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0033  tRNA-Val  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000112986  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0043  tRNA-Val  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172535  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0026  tRNA-Val  90.74 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.142579 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0044  tRNA-Val  90.74 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0016  tRNA-Val  89.66 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000321371  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  90.74 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0046  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.052544 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0019  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0024  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.508678  normal  0.235406 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0040  tRNA-Val  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1555  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0002  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884588  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0020  tRNA-Val  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0496105  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0028  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.163089  normal  0.151785 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0024  tRNA-Val  88.33 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.415553  normal  0.401158 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0053    89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0017  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.757994  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0048  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0268651  normal  0.468066 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0060  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00507823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0064  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.022514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0056  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA28  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0065  tRNA-Val  87.3 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0059636  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0046  tRNA-Val  87.3 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000910848  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt01  tRNA-Val  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.762273  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-4  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.464554  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0051  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000353155  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0043  tRNA-Val  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2783  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0812706  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0069  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00232154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0045  tRNA-Val  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.374674 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0036  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.012717  normal  0.28653 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1831  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0021  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0038  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.827791  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0054  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0048  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.546388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0089  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347614  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0038  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.405817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0048  tRNA-Val  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0187429  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0061  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0059  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0050  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.568856  normal  0.757396 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0050  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.651338  normal  0.744651 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2266  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248753  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0025  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.149964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0061  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.700263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4574  tRNA-Val  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0200099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3052  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.728072  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2705  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1539  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.051003  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0039  tRNA-Val  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.910644  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0044  tRNA-Val  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.306747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0073  tRNA-Val  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0026  tRNA-Val  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000113953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0061  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17954  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0068  tRNA-Val  87.93 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.064456  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>