194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_R0105 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013411  GYMC61_R0105  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0047  tRNA-Val  93.22 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0013  tRNA-Val  91.8 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.736454 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0001  tRNA-Val  91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.613575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0035  tRNA-Val  91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.491254  normal  0.639036 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0013  tRNA-Val  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688167  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0059  tRNA-Val  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.40098  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0013  tRNA-Val  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.38084 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0074  tRNA-Val  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0744587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0019  tRNA-Val  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0046  tRNA-Val  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.052544 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  88.57 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0028  tRNA-Val  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.163089  normal  0.151785 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0002  tRNA-Val  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884588  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0044  tRNA-Val  90.16 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  90.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  90.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4309  tRNA-Val  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6005  tRNA-Val  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.859444 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0001  tRNA-Val  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt01  tRNA-Val  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.762273  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0043  tRNA-Val  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0048  tRNA-Val  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0187429  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0864  hypothetical protein  90.74 
 
 		 276 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.37521 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4574  tRNA-Val  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0200099  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0014  tRNA-Val  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.366276 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0039  tRNA-Val  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.910644  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0044  tRNA-Val  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.306747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0045  tRNA-Val  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.374674 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0073  tRNA-Val  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  88.52 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  88.52 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0611  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0857734  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA13  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00601929  normal  0.184013 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  86.89 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0032  tRNA-Val  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002348 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  86.89 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  86.89 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  86.89 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  86.89 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  86.89 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  86.89 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  86.89 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  86.89 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0001  tRNA-Val  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0030  tRNA-Val  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0025  tRNA-Val  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.19601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tVal03  tRNA-Val  92.11 
 
 		 80 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0001  tRNA-Val  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000456569  normal  0.401472 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0026  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000113953  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t074  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t075  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t076  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t077  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0045  tRNA-Val  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0056  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805133  normal  0.0381959 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0057  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000143405  normal  0.0390481 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0058  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000142133  normal  0.0392257 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0059  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000131386  normal  0.0398666 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0060  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000140872  normal  0.0392257 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000239094  normal  0.0392257 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0056  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000122931  normal  0.695646 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0057  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000113368  normal  0.686257 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0058  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000101774  normal  0.68295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0059  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000125159  normal  0.68295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0060  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000118562  normal  0.692299 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000062426  normal  0.68295 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0054  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000293035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0055  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000302516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0056  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000283847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0057  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000258205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0058  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000107196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0059  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000138631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0008  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.138827  hitchhiker  0.000689808 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0016  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113655  normal  0.435414 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000755245 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0110  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00758879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309269  tRNA-Val  85.25 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAValVIMSS1309382  tRNA-Val  85.25 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.658487  normal  0.0584078 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.142579 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0029  tRNA-Val  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.198673  normal  0.11041 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1831  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0054  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214372  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>