299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_6005 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_6005  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.859444 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0035  tRNA-Val  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.491254  normal  0.639036 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0001  tRNA-Val  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.613575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4309  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0047  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0001  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.709613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0001  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-4  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.464554  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0051  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000353155  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1539  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.051003  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2783  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0812706  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0038  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.827791  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1831  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2705  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0089  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347614  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0061  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.700263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0061  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0061  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0059  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0025  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.149964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2266  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248753  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3052  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.728072  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0029  tRNA-Val  91.89 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.198673  normal  0.11041 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0069  tRNA-Val  91.67 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00232154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0040  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451217  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0039  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna32  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0026  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000113953  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0046  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0021  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0046  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0013  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.736454 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0059  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.40098  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0013  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.38084 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0074  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0744587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0002  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884588  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0046  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.052544 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0028  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.163089  normal  0.151785 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0013  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688167  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0019  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0033  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0032  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002348 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0054  tRNA-Val  88.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0036  tRNA-Val  88.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.012717  normal  0.28653 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0038  tRNA-Val  88.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.405817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0039  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.867547  hitchhiker  0.000112761 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt01  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.762273  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0045  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.374674 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0039  tRNA-Val  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.910644  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4574  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0200099  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0048  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0187429  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0044  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.306747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0043  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0073  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-2  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.516841  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0033  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.675019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0045  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0105  tRNA-Val  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0043  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172535  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0014  tRNA-Val  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.366276 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0864  hypothetical protein  90.74 
 
 		 276 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.37521 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0013  tRNA-Val  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.276155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0062  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAValVIMSS1309382  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.658487  normal  0.0584078 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0611  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0857734  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309269  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0033  tRNA-Val  85.92 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0018  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  85.92 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0054  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.452754 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>