42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0017 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0004  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0017  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.225526  normal  0.0844719 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0017  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0001  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000207511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0026  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000113953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0045  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.374674 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0039  tRNA-Val  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.910644  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0044  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.306747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0073  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0048  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0187429  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4574  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0200099  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0043  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt01  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.762273  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0611  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0857734  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0001  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.709613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0013  tRNA-Val  95.12 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.276155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0063  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00355332  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0024  tRNA-Val  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.508678  normal  0.235406 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6005  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.859444 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0027  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.558731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1555  tRNA-Val  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0037  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0027  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.751997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0030  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.521992  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0003  tRNA-Ile  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000227262  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0032  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.387211 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0041  tRNA-Val  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0014  tRNA-Val  85.45 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.629466 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0003  tRNA-Ile  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000155812  hitchhiker  0.0000000064789 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0061  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0122342  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0046  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0468144  normal  0.358768 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0037  tRNA-Phe  100 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000710934 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0010  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0010  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA4  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.489059 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAThrVIMSS1309299  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0668617 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0054  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0021  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0625627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0004  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.679327 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0003  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.300151 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>