More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_tRNA4 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_tRNA4  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.489059 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0004  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.679327 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0001    97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0451223 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0001  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0037  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0045  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.471231 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0055  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.9646 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt08  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.711822  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt09  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.745225  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0005  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.118248  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0054  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.290496  normal  0.747562 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0004  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54255  normal  0.0153905 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0058  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0014  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.854137  normal  0.0928806 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0060  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.18005  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0024  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113773  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0059  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.07343  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0060  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.766632 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0052  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0061  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.638683  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0063  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0052  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.165358 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0060  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.312952  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0015  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.409791  hitchhiker  0.00133566 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0959  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0005  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4576  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0042  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0007  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0839  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.343418  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0046  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0040  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0471615  normal  0.863144 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0016  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0015  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0046  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0054  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0026  tRNA-Gly  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000390133  normal  0.0221224 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0028  tRNA-Gly  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000469989  normal  0.0212427 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0044  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.69312  normal  0.302799 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0010  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0010  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0006  tRNA-Gly  96.23 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0021  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000205707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0023  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000214158  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0027  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0050  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0061  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0004  tRNA-OTHER  95.83 
 
 		 67 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0053  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0070  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6044  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0063  tRNA-Gly  91.04 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.362704  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0068  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00365529  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0031  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0041  tRNA-Gly  92.98 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.126738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0056  tRNA-Gly  92.98 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0005  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000151844  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0036  tRNA-Gly  94.34 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0117844 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tGly01  tRNA-Gly  94.34 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.682857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0034  tRNA-Gly  94.34 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0217545 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11950  tRNA-Gly  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000172827  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0008  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.142347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0028  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.433481  normal  0.466553 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0044  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0018  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.045305  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0007  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000264887  normal  0.61678 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0031  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000029648 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0046  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.098729  normal  0.38061 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0048  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0106217  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0043  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.607028  normal  0.490621 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0011  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.770603  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0030  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.121021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0006  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000670589  normal  0.608185 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0010  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.695097  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07190  tRNA-Gly  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000170104  normal  0.886703 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11980  tRNA-Gly  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000114191  normal  0.102019 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0054  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0271354  normal  0.903317 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0048  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000863907  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00080  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000419569  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0044  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.35893e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0083  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.37865e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t35  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t61  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.58231  normal  0.0299254 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5039  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000010276  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0023  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000631988  hitchhiker  0.000000537949 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t23  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA57  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.256598  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA59  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609929  normal  0.691703 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R50  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332588 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R61  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4238  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.1159899999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0044  tRNA-Gly  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00255441  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0072  tRNA-Gly  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827056  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0073  tRNA-Gly  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.611784  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly03  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.122122  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2616  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.256373  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4725  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.64891e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2338  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00378756  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0045  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.57723  normal  0.0236363 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>