82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0001 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000207511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1555  tRNA-Val  91.18 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0024  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.508678  normal  0.235406 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0018  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0017  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.225526  normal  0.0844719 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0054  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.452754 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0026  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.289153  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0004  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0024  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0024  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0017  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0027  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31278  normal  0.51175 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0020  tRNA-Val  86.3 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0496105  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0041  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0784234  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03462  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000504437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0041  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0017  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.598097  normal  0.464383 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0032  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0035  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000268717  normal  0.222107 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0033  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0062  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10340  tRNA-Val  97.06 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0379292 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0029  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.198673  normal  0.11041 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0013  tRNA-Val  95.12 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.276155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0043  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172535  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0037  tRNA-Val  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0031  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0030  tRNA-Val  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0061  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.700263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0069  tRNA-Val  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00232154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0061  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0044  tRNA-Met  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.477154  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0050    87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0025  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.149964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0045  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00029215  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0038  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.405817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0036  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.012717  normal  0.28653 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2783  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0812706  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0054  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.163017  normal  0.0248084 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0035  tRNA-Val  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.81932  normal  0.306729 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0035  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568068  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0038  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.827791  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0051  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000353155  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-4  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.464554  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0021  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0032  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.297766  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0033  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.417865  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0039  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.867547  hitchhiker  0.000112761 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0054  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0024  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0089  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347614  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0061  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0059  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0031  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.453935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0032  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.44499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0026  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00797883 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0027  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00767943 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2266  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248753  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0030  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0040  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0055  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0679296  normal  0.0243248 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3052  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.728072  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2705  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1539  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.051003  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1831  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0052  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.222044  normal  0.0244207 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0053  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165796  normal  0.0236662 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0003  tRNA-Ile  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000227262  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0029  tRNA-Val  87.23 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.76241 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0003  tRNA-Ile  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000155812  hitchhiker  0.0000000064789 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0065  tRNA-Val  88.24 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0034  tRNA-Val  87.23 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0146998  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0038  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0047  tRNA-Val  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0040  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000348872 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0026  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.851542  hitchhiker  0.00348632 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0051  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>