81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_R0037 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_R0037  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0027  tRNA-Val  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31278  normal  0.51175 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0018  tRNA-Val  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0054  tRNA-Val  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.452754 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0022  tRNA-Val  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.448408  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0016  tRNA-Val  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.372982  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0024  tRNA-Val  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.508678  normal  0.235406 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1555  tRNA-Val  90.67 
 
 
77 bp  93.7  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0039  tRNA-Val  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.867547  hitchhiker  0.000112761 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0041  tRNA-Val  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0784234  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0041  tRNA-Val  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0020  tRNA-Val  88.41 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0496105  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0026  tRNA-Val  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.289153  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0024  tRNA-Val  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0024  tRNA-Val  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3052  tRNA-Val  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.728072  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0059  tRNA-Val  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1539  tRNA-Val  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.051003  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0021  tRNA-Val  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2266  tRNA-Val  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248753  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0025  tRNA-Val  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.149964  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0061  tRNA-Val  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.700263  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0038  tRNA-Val  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.827791  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2705  tRNA-Val  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0061  tRNA-Val  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0089  tRNA-Val  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347614  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0061  tRNA-Val  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17954  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-4  tRNA-Val  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.464554  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0051  tRNA-Val  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000353155  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2783  tRNA-Val  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0812706  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna47  tRNA-Val  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.625367  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1831  tRNA-Val  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0069  tRNA-Val  93.62 
 
 
72 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00232154  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0043  tRNA-Val  91.84 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172535  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0033  tRNA-Val  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.675019  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0030  tRNA-Val  90.2 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  93.02 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0052  tRNA-Val  90.2 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.222044  normal  0.0244207 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0036  tRNA-Val  93.02 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.012717  normal  0.28653 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0053  tRNA-Val  90.2 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165796  normal  0.0236662 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0054  tRNA-Val  90.2 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.163017  normal  0.0248084 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0038  tRNA-Val  93.02 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.405817  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0055  tRNA-Val  90.2 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0679296  normal  0.0243248 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000016484  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_003295  RS03462  tRNA-Val  93.02 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000504437  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0033  tRNA-Val  93.02 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0054  tRNA-Val  93.02 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214372  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0035  tRNA-Val  93.02 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000268717  normal  0.222107 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0048  tRNA-Val  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.546388  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0001  tRNA-Val  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.709613  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0032  tRNA-Val  93.02 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0033  tRNA-Val  90.2 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.417865  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0031  tRNA-Val  90.2 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.453935  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0032  tRNA-Val  90.2 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.44499  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0026  tRNA-Val  90.2 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00797883 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0027  tRNA-Val  90.2 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00767943 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0032  tRNA-Val  90.2 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.297766  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0040  tRNA-Val  89.8 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0001  tRNA-Val  89.58 
 
 
75 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000207511  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0040  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451217  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0035  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  54  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0205002  normal  0.0343396 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna32  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0039  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449991  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0046  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0026  tRNA-Val  87.76 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.851542  hitchhiker  0.00348632 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0044  tRNA-Val  93.75 
 
 
72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.320122  normal  0.198064 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0004  tRNA-Val  87.5 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0017  tRNA-Val  87.5 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.225526  normal  0.0844719 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0073  tRNA-Val  85.71 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.222054  normal  0.378802 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4309  tRNA-Val  96.3 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0065  tRNA-Val  90.7 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  96.3 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0001  tRNA-Val  96.3 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0001  tRNA-Val  96.3 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.613575  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0035  tRNA-Val  96.3 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.491254  normal  0.639036 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0029  tRNA-Val  87.23 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.198673  normal  0.11041 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6005  tRNA-Val  96.3 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.859444 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0046  tRNA-Val  82.67 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>