168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_R0046 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_R0019  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0002  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884588  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0046  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.052544 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0028  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.163089  normal  0.151785 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt01  tRNA-Val  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.762273  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0045  tRNA-Val  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.374674 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0048  tRNA-Val  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0187429  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0039  tRNA-Val  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.910644  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0044  tRNA-Val  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.306747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0073  tRNA-Val  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0043  tRNA-Val  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4574  tRNA-Val  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0200099  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0059  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.40098  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0013  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.38084 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0074  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0744587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0013  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688167  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0611  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0857734  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA13  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00601929  normal  0.184013 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0008  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.190638  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0026  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000113953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0062  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0047  tRNA-Val  92.65 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0864  hypothetical protein  91.67 
 
 		 276 bp  95.6  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.37521 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0014  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.366276 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0027  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.480715 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0050  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0953  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t15  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna32  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0040  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0039  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0001  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.613575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0035  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.491254  normal  0.639036 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4309  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0046  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0001  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.709613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0001  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0046  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6005  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.859444 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0068  tRNA-Val  91.53 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.064456  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0041  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0105  tRNA-Val  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0044  tRNA-Val  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.64476  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0043  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.125725  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0016  tRNA-Val  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000321371  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0012  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.207104  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0007  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0174963 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0025  tRNA-Val  97.37 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.19601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0044  tRNA-Val  90.74 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0005  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0007  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393787  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0005  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.858584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0020  tRNA-Val  86.76 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-2  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.516841  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0007  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0014  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0194107  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0017  tRNA-Val  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000016484  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  88.24 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0024  tRNA-Val  90.7 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.415553  normal  0.401158 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0037  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00626142  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  88.24 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  85.07 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0053  tRNA-Val  84.51 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.694322  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0038  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0034789  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0035  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.476132 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0029  tRNA-Val  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  7.23403e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0024  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198375  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2440  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2943  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.24885  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2946  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.411322  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2949  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.116038  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2150  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2626  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.888803  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2629  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.8453  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2632  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.602317  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0001  tRNA-Val  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000456569  normal  0.401472 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0332381  normal  0.0106585 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>