More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0021 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.656534 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0045  tRNA-Ala  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.760301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0002  tRNA-Ala  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.716765  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0042  tRNA-Ala  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0059  tRNA-Ala  94.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0023  tRNA-Ala  94.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0023  tRNA-Ala  94.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.756244  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0020  tRNA-Ala  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0003  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0059  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.455983  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0053  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0013  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0447386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0047  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.591987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0069  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.181592  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0018  tRNA-Ala  93.22 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.916069 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0053  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0017  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0047  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07699  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.515536  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13664  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.235996  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0052  tRNA-Ala  92.98 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.786637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0003  tRNA-Ala  92.98 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0157571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0054  tRNA-Ala  92.98 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.612853 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tAla01  tRNA-Ala  87.01 
 
 		 80 bp  73.8  0.000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.154923  hitchhiker  0.00246216 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0046  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0265781  normal  0.152428 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000057464  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0036  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2555  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000235232  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4597  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04529  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000000942406  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000151858  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2669  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2102  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000104727  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0017  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.238623  normal  0.104825 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0063  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.949581  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000000000354338  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2969  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0013859  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0050  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000000169071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3626  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00292958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0049  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.661163 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2776  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.453071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0053  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.522841 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0051  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.517344 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0048  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358274  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0044  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0071  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2625  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000251255  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2626  hypothetical protein  97.37 
 
 		 1470 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000164664  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3211  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000514426  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0066  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.00000000000021471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2603  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0323459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2101  hypothetical protein  97.37 
 
 		 228 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000210975  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1301  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00804048  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0029  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0993455  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2670  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2486  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000314441  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2547  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.03374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1985  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000056627  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2775  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.466623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.478576 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3627  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00311856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0062  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0035  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0016  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0045  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000205649  normal  0.101585 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000423557  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0027  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2540  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.0000814865  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0028  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  unclonable  0.0000000000000054137  normal  0.608945 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0092  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.00000000000431101  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2968  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00156309  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0040  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00260551  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4679  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000870415  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2604  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0335338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0058  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  unclonable  0.000000000000357472  normal  0.478437 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0022  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.60497 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0027  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.260032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0058  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000000348439  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0058  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.000000000000613252  normal  0.244453 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0056  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000000000305477  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0053  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.905694 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2554  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0028  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.000000000102756  hitchhiker  0.00235863 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0014  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000183317  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1300  hypothetical protein  97.37 
 
 		 147 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00987773  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0040  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.570162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0018  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.867463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0066  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0041  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2646  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2645  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0670079  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>