160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_tAla01 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_tAla01  tRNA-Ala  100 
 
 		 80 bp  159  1e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.154923  hitchhiker  0.00246216 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0042  tRNA-Ala  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0045  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.760301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0002  tRNA-Ala  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.716765  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07699  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.515536  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13664  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.235996  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07685  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.954113  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0021  tRNA-Ala  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.656534 
 
 
-
 
NC_002950  PGt05  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000322453 
 
 
-
 
NC_002950  PGt30  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt36  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244061 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0047  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.591987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0013  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0447386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0053  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0003  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0017  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0047  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0053  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0059  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.455983  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0069  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.181592  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0003  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0020  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tAla02  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.970472 
 
 
-
 
NC_002950  PGt45  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna086  tRNA-Ala  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000772007  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01010  tRNA-Ala  89.83 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0027  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.554328 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0654  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1372  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0031  tRNA-Ala  95.12 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0723333  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0019  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0057  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.117051  hitchhiker  0.00489854 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0024  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134353 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0017  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0029  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.180945  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0042  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0058  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.72699  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3137t  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00236079  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0063  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.949581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0094  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000040365  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0096  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000883074  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0035  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00302352  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0104  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000207184  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0111  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000942112  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0045  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0017  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.238623  normal  0.104825 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0059  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0071  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0066  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t009  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t010  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t012  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t041  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0168  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0169  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0055  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0111  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0119746  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0112  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00598062  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0024  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.109226  hitchhiker  0.0000314359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.103497  hitchhiker  0.0000314359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0026  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.245105  hitchhiker  0.0000314359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0027  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.241755  hitchhiker  0.0000336361 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0082  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000108205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0094  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000370787  hitchhiker  0.00000128608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0082  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000215796  normal  0.285336 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0096  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000134159  hitchhiker  0.00188437 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0091  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000341409  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0024  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221769 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218717 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0026  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000228112 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0027  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000223395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0079  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000539441  normal  0.0509646 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0166  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0061  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000664569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0069  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000532725  normal  0.462628 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0118  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0535313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0119  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0330088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0120  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0581701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0121  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0591922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0122  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0586891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0167  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t03  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0015  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000023948  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0016  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000912606  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0017  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000953309  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0110  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0760106  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0059  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000852729  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0069  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000101194  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0122  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000463735  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0123  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000452322  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0124  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000481444  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0125  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000438642  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0024  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0701106  hitchhiker  0.000966251 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0691612  hitchhiker  0.000941465 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0027  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.425425  hitchhiker  0.000935179 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0088  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0091  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0095  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.02271  normal  0.395176 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0095  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000455867  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>