More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_R0042 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_R0042  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0013  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0447386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0053  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0047  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.591987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0021  tRNA-Ala  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.656534 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0047  tRNA-Ala  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0059  tRNA-Ala  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.455983  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0053  tRNA-Ala  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0069  tRNA-Ala  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.181592  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0003  tRNA-Ala  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0017  tRNA-Ala  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tAla01  tRNA-Ala  92 
 
 		 80 bp  101  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.154923  hitchhiker  0.00246216 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0002  tRNA-Ala  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.716765  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13664  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.235996  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07699  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.515536  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0059  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0045  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.760301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0020  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tAla02  tRNA-Ala  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.970472 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0027  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.554328 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0058  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.72699  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0019  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0023  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0032  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt05  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000322453 
 
 
-
 
NC_002950  PGt30  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt36  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244061 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0027  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0027  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.260032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0035  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222164  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000057464  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0018  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.867463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2547  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.03374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1510  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0028  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.000000000102756  hitchhiker  0.00235863 
 
 
-
 
NC_003295  RS04529  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000000942406  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000151858  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0022  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.60497 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000162268  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2008  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2604  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0335338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2669  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0014  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000183317  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.478576 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0040  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.570162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2231  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2157  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2321  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1725  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.67576  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2101  hypothetical protein  92.31 
 
 		 228 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000210975  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000000000354338  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0040  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00260551  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0058  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.000000000000613252  normal  0.244453 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1523  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1375  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000019852  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2540  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.0000814865  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2486  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000314441  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2188  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0050  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000000169071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000620846  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0044  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2968  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00156309  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2625  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000251255  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2626  hypothetical protein  92.31 
 
 		 1470 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000164664  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2969  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0013859  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0066  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.00000000000021471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2603  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0323459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1705  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0029  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0993455  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1985  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000056627  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4679  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000870415  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000423557  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2257  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.124846  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0016  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0045  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000205649  normal  0.101585 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0187  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2102  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000104727  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1301  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00804048  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1300  hypothetical protein  92.31 
 
 		 147 bp  63.9  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00987773  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3211  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000514426  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0028  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  unclonable  0.0000000000000054137  normal  0.608945 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0092  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.00000000000431101  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0058  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  unclonable  0.000000000000357472  normal  0.478437 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0053  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.905694 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0058  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000000348439  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0056  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000000000305477  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0019  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495919  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>