286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_R0045 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_R0045  tRNA-Ala  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.760301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0021  tRNA-Ala  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.656534 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0002  tRNA-Ala  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.716765  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0042  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tAla01  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 80 bp  91.7  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.154923  hitchhiker  0.00246216 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07699  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.515536  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13664  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.235996  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0002  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0004  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0023  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0023  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.756244  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt05  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000322453 
 
 
-
 
NC_002950  PGt30  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt36  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244061 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0046  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0265781  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0063  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.949581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0079  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000115444  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1995  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07685  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.954113  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt45  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0071  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2740  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000025557  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0045  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000176076  normal  0.226339 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t070  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t072  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt28  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt28  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0059  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.455983  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0075  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0066  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0004    97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.887473 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60530  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.47685  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0029  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R32  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0025  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.114499  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1997  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0047  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0053  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0077  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000406262  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0010  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.100058 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0013  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0447386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4221  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.30182e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0005  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0004  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0002  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.778996  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0076  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0059  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0003  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA1  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.586426 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0017  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.238623  normal  0.104825 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0002  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.381422  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0056  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0078  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000423049  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60510  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25765  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0062  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000778147  normal  0.022465 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0064  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000617351  normal  0.0220533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0062  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000770874  normal  0.663718 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0064  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000015576  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0020  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0017  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4222  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.27944e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0047  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.591987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23570  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.981863  normal  0.0268964 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0053  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0060  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000591053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0062  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0035  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00302352  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0069  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.181592  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0058  tRNA-Ala  93.88 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.72699  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0033  tRNA-Val  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla03  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0075  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179724  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.435087  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04529  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000000942406  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0027  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0047  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000125219  normal  0.0337252 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0050  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000142107  normal  0.0152639 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0049  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.661163 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1375  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000019852  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2459  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0115625  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2008  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0029  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0993455  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0091  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000846369  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2540  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.0000814865  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1985  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000056627  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2486  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000314441  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0035  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0016  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0045  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000205649  normal  0.101585 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0088  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000415947  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0082  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150663  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0089  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0027987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0091  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000134168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0093  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000010191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0098  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000110088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0079  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000189125  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>