150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1374 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1374  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.110948 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0001  tRNA-Val  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0046  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14170  tRNA-Val  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  90.54 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0033  tRNA-Val  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  89.19 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  89.19 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  89.19 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  89.19 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0010  tRNA-Val  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.239466  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-3  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382302  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t11  tRNA-Val  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.089356  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0030  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000541175  normal  0.0247209 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0022  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.796952  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0793  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0047  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496428  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0029  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0040  tRNA-Val  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.184579  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0047  tRNA-Val  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0462581  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0045  tRNA-Val  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000126264 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0014  tRNA-Val  85.33 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0064  tRNA-Val  85.33 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.614158  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0065  tRNA-Val  85.33 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  85.14 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0447386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0053  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.591987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0027  tRNA-Val  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.20425  decreased coverage  0.00178196 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07699  tRNA-Ala  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.515536  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13664  tRNA-Ala  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.235996  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0017  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0053  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0059  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.455983  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0069  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.181592  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07693  tRNA-Gly  87.72 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0018  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0605541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0027  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.877101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0037  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00519956  normal  0.826758 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0047  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000347676  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0045  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000307248  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05795  tRNA-OTHER  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0010  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.116783  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0021  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0026  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.211344  normal  0.0167997 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0017  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00286264  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0049  tRNA-Val  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00100813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0010  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00245461  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0027  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.543066  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0032  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.100652  normal  0.0918353 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0050  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0857362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0015  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000941457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0080  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0217837  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tAla01  tRNA-Ala  100 
 
 		 80 bp  48.1  0.0003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.154923  hitchhiker  0.00246216 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0041  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.352531  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0039  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0358134  normal  0.456153 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0054  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10740  tRNA-Gly  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.0089339  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0045  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0032  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000105255  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0020  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.649475  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0045  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2379  tRNA-Val  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000292558  hitchhiker  0.00911124 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1201  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0742483  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0047  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.877588  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10770  tRNA-Gly  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.029864  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0026  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.478102  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0052  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0033  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0024  tRNA-Val  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.469275  hitchhiker  0.0000034793 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5036  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000151572  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0029  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.804432  normal  0.0419406 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0046  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.31806 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0061  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000225678  hitchhiker  0.00000327406 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0062  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000022739  hitchhiker  0.00000336445 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0063  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000215806  hitchhiker  0.00000333382 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0042  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00372557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0043  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0045  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00877282  normal  0.995576 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0053  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452595  hitchhiker  0.000000169384 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1531  tRNA-Val  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000929457  hitchhiker  0.00112826 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0029  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0528689 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0041  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000251829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0054  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_R0076  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.369233  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>