More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Val-3 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Val-3  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382302  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0030  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000541175  normal  0.0247209 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0045  tRNA-Val  98.61 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000307248  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0032  tRNA-Val  98.61 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000105255  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0046  tRNA-Val  98.61 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.31806 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0022  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510685  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0072  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0117931  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0089  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000177778  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0018  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.209747  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0090  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0011  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560887  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0072  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0577987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0078  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0052  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.599035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0046  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498396  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0031  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  5.03601e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R25  tRNA-Val  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00112378  normal  0.0215792 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R27  tRNA-Val  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000323391  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R36  tRNA-Val  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0004  tRNA-Val  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000000388109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0048  tRNA-Val  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0051  tRNA-Val  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0408927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0027  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.877101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0037  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00519956  normal  0.826758 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0018  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0605541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0018  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.010388  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116637  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0133528  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5819  tRNA-Val  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000675228  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0191  tRNA-Val  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000034986  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5650  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000315313  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5659  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000220141  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5674  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000774972  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5687  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000478099  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0030  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.218808 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5732  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000412764  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0093  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000186576  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5653  tRNA-Val  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000741856  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5633  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.115457  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5050  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000188833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4578  tRNA-Val  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000592849  normal  0.0827232 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0170  tRNA-Val  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0237549 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0272  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5034  tRNA-Val  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-2  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000213554  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-3  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000108525  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-4  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000645962  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-5  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000098013  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-6  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000153225  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0080  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000518886  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0853  tRNA-Val  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000111044  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0018  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0022012  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0603  tRNA-Val  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000989267  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5725  tRNA-Val  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000777644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-1  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0417532  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-3  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000052933  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-4  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00757095  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-5  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-6  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000716932  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-7  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000452768  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0527  tRNA-Val  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.3227999999999999e-28 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Val-1  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000230232  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Val-2  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000226351  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Val-3  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000779763  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Val-5  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000106447  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Val-6  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000394218  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0045  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000240957  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0045  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150428  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0036  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.286435  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0139  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0036  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000418472  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0143  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000199332  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0095  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165095  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0294  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000261183  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5709  tRNA-Val  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000949158  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5666  tRNA-Val  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000870426  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-1  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000155621  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-2  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000053562  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-3  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196603  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-4  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000015578  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-6  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000778849  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0212  tRNA-Val  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000868799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5145  tRNA-Val  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000184879  normal  0.692523 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4774  tRNA-Val  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000014475  hitchhiker  6.83474e-16 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0778  tRNA-Val  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34684e-29 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0097  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000152963  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5003  tRNA-Val  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1374  tRNA-Val  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.110948 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0011  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0028  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.763177  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t10  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.922263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t69  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.595714  hitchhiker  0.00914053 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2074  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00776764  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA50  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000979507  normal  0.305106 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA6  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0168581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA72  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000170851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA81  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00142149  normal  0.0185896 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>