More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_R0032 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_R0045  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000307248  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0046  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.31806 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0032  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000105255  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-3  tRNA-Val  98.61 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382302  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0030  tRNA-Val  98.61 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000541175  normal  0.0247209 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0022  tRNA-Val  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510685  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0018  tRNA-Val  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.209747  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0090  tRNA-Val  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0089  tRNA-Val  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000177778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0072  tRNA-Val  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0117931  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R25  tRNA-Val  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00112378  normal  0.0215792 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R27  tRNA-Val  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000323391  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R36  tRNA-Val  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0031  tRNA-Val  92.59 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  5.03601e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0011  tRNA-Val  92.59 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560887  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0046  tRNA-Val  92.59 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498396  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0072  tRNA-Val  92.59 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0577987  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0052  tRNA-Val  92.59 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.599035  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0078  tRNA-Val  92.59 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0051  tRNA-Val  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0408927  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0048  tRNA-Val  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0004  tRNA-Val  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000000388109  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0011  tRNA-Val  86.96 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00016  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000202389  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00018  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000172255  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00041  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000120834  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00042  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000123332  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00043  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000135072  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0032  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121865  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0033  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0034  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000138641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0057  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0059  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  6.36722e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0584  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.67929e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0037  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000578787  hitchhiker  0.00129397 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4682  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.8092300000000003e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3635  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149841  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0847  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000806074  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2675  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000585827  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0059  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00482494  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0058  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0018  tRNA-Ala  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0605541  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2555  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000393303  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0767  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000989037  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2966  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0665  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000217876  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0039  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000567069  hitchhiker  0.00359795 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t48  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t50  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2554  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138872  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2651  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000523066  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0911  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000875601  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2780  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000064612  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3636  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130936  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2561  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000777875  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2676  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00067711  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0054  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0053  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.294678  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0040  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.37515  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0060  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00525968  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0039  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.552489  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2556  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000389314  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA26  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.241705  normal  0.163758 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA28  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000265839  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0769  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000076951  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0038  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000627564  hitchhiker  0.00122334 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0037  tRNA-Ala  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00519956  normal  0.826758 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2610  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000740519  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2967  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.52961e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2837  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.88964e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0027  tRNA-Ala  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.877101  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0036  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.132949  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2559  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000360113  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0052  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.11446  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2650  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000507401  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0788  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000010379  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2652  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000608087  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0849  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000146237  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2781  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000634028  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0879  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000126601  normal  0.645347 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2560  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000861237  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3634  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000679496  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4681  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.95676e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4658  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.127679999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5021  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5049  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000603353  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4683  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.66609e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4656  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.90971e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5051  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000673895  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0038  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.809609  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0815  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000696983  normal  0.877811 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5050  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2609  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000718351  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2608  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000643017  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2674  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00824453  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0072  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560906  normal  0.267671 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0070  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000583072  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0035  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.134174  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>