158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4337 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0393  tRNA-Val  92 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0026  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.583187  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0013  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  88.89 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16710  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.879903  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6035  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0015496  normal  0.392625 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  90.28 
 
 		 399 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  90.28 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0033  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0022  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.796952  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0793  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0047  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496428  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t11  tRNA-Val  92.45 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.089356  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0037  tRNA-Val  97.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0051  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0408927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0014  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.20827  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0027  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.20425  decreased coverage  0.00178196 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0046  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  90.16 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Val-2  tRNA-Val  93.18 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0033  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.166955 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0011  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0032  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0382858 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0040  tRNA-Val  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.184579  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0026  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0014  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0028  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0001  tRNA-Val  88.52 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0014  tRNA-Val  89.8 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0014  tRNA-Val  86.96 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.509496  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  84.93 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0053  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0070  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.817758 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0016  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0267125  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0027  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00584836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0036  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000106131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0025  tRNA-Val  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0254254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0015  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0394069 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0013  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.557667  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0053  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t02  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0460294  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0054  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.172147  normal  0.574925 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0056  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000000109894  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0064  tRNA-Val  92.31 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.614158  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0065  tRNA-Val  92.31 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0049  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14170  tRNA-Val  88.14 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0032  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  9.69442e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0045  tRNA-Val  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000126264 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>