238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0012 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0793  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0022  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.796952  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0047  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496428  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t11  tRNA-Val  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.089356  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6035  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0015496  normal  0.392625 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0026  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.583187  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0013  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0014  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0037  tRNA-Val  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1374  tRNA-Val  89.19 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.110948 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Val-2  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0028  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0026  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  88.73 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0046  tRNA-Val  92.73 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0014  tRNA-Val  87.18 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0040  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.184579  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0001  tRNA-Val  87.84 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0065  tRNA-Val  86.84 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0064  tRNA-Val  86.84 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.614158  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6031  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.54533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0033  tRNA-Val  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0393  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0053  tRNA-Val  88.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0047  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0462581  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0045  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000126264 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0001  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0032  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0018  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0308139  normal  0.84994 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0049  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA42  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0052  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.599035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0078  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0031  tRNA-Val  93.18 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0117254 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0011  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560887  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0013  tRNA-Val  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.459697  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0027  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.532393  normal  0.247414 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0072  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0577987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0012  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.230814  normal  0.0269943 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0031  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  5.03601e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0046  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498396  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4225  tRNA-Val  90.7 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236439  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4223  tRNA-Val  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000199522  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0017  tRNA-Val  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103702  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4224  tRNA-Val  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000021788  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2738  tRNA-Val  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000778313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0016  tRNA-Val  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000137967  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0027  tRNA-Val  89.09 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.20425  decreased coverage  0.00178196 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0015  tRNA-Val  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129516  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2737  tRNA-Val  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000828053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0023  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.169175  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0033  tRNA-Val  92.86 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0033  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.42496  normal  0.471878 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0047  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.280902  normal  0.182709 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0032  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0053  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0873696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0024  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.469275  hitchhiker  0.0000034793 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0002  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0033  tRNA-Val  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000215711  hitchhiker  0.00721353 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0002  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.157867  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0058  tRNA-Val  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.703111  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0010  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.172147  normal  0.574925 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.370539 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0058  tRNA-Val  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000337816  normal  0.447594 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>