255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_R0036 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  95.08 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0029  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0037  tRNA-Val  91.55 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0014  tRNA-Val  92.96 
 
 		 72 bp  93.7  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.509496  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA42  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0393  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0067  tRNA-Val  96 
 
 		 70 bp  83.8  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  89.47 
 
 		 399 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  94.64 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0046  tRNA-Val  95.83 
 
 		 68 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0014  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  92.98 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0037    88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.458028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0038  tRNA-Val  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.129707  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Val-2  tRNA-Val  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0032  tRNA-Val  94.12 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0033  tRNA-Val  94.12 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.42496  normal  0.471878 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0047  tRNA-Val  94.12 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.280902  normal  0.182709 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4224  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000021788  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0016  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000137967  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4225  tRNA-Val  91.67 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236439  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4223  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000199522  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2737  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000828053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2738  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000778313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0015  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129516  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0017  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103702  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0033  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0023  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0055  tRNA-Val  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0368844  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0064  tRNA-Val  88.33 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.614158  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0014  tRNA-Val  88.33 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0065  tRNA-Val  88.33 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0058  tRNA-Val  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000337816  normal  0.447594 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0032  tRNA-Val  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0053  tRNA-Val  87.3 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0010  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0767985  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0005  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000213903  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0003  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00134196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0005  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000781338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0005  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0005  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.642292 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.047659  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0025  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0254254  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t11  tRNA-Val  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.089356  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0047  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496428  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_778  tRNA-Lys  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000215711  hitchhiker  0.00721353 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0058  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.703111  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0022  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.796952  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0793  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  84.72 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-2  tRNA-Val  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0070  tRNA-Val  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.817758 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0026  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.583187  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0037  tRNA-Val  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104744  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0013  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1581  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1616  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.620085 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>